實際上胃腸道間質瘤轉移和胃癌是不一致的，主要的轉移途徑是腹腔播散，還有血行轉移，淋巴結轉移比較少見，所以說在手術當中，對於胃腸道間質瘤來講，不建議做淋巴結廓清。腹腔播散也叫散播性轉移，最重要的問題就是腫瘤自發的或手術中的破裂，導致腫瘤細胞脫落在腹腔或鄰近的臟器，導致這些地方小的腫瘤病灶逐漸生長而產生，這是胃腸道間質瘤非常容易出現的一種轉移模式。
此外血行轉移也是比較常見的，腫瘤生長過程中，間質瘤的血液供應非常豐富，它可能會脫落浸潤到腫瘤的血管，隨著回流進入到臟器，最常見的因為消化道的回流方式就是肝臟，所以肝臟是最容易出現血行轉移的一個部位，這也解釋了為什麼有 30% 的胃腸道間質瘤病患復發轉移是出現在肝臟。當然也可以透過血液轉移到肺，甚至骨骼等其他臟器。
胃腸道間質瘤的病患很少出現淋巴結轉移，但是有一種特殊類型的胃腸道間質瘤，例如琥珀酸脫氫酶缺陷型的病患，它可能會發生胃腫瘤周圍的淋巴結轉移，而且琥珀酸脫氫酶缺陷型胃腸道間質瘤，對於目前的標靶藥物治療來講效果並不太好。所幸這些年來對於琥珀酸脫氫酶這一突變類型的胃腸道間質瘤，有一些藥物正在進行新的研發，可能會對這部分病患取得一個更好的結果。當然琥珀酸脫氫酶缺陷型的這部分病患，腫瘤的復發轉移風險相對來講也會比較小，當然也可以理解為琥珀酸脫氫酶缺陷型的胃腸道間質瘤，惡性度相對來講會比較低。
對於胃腸道間質瘤，確實有病患朋友發現時已經發生遠處轉移，例如肝轉移、肺轉移、骨轉移，甚至腹腔的散播轉移，但是發生轉移還是有手術機會的。
但是對於這些病人，首選的治療還是要選擇一個合適的藥物治療前提，腫瘤有退縮，還是有機會能夠對腫瘤進行好的手術切除，或者是射頻燒灼、微波燒灼等介入毀損治療。
如果病人經過現在常規的藥物 Imatinib，或者是有少見的突變類型，例如 PDGFRA D842V 突變，使用 Avapritinib 等藥物，用了之後腫瘤能夠控制很好，甚至有些腫瘤有退縮，這時候就可以考慮採取手術。
肝內的多發轉移，一般情況下會評估轉移的範圍，是集中在右肝還是散布在雙側肝臟，例如腫瘤的大小、腫瘤的數量，腫瘤與血管、膽管的鄰近關係，這些都會決定具體採用的手術方式。例如做肝葉切除、肝節切除，甚至左半肝、右半肝切除。
手術的前提大家一定不要慌張，首先要選擇很好的藥物治療。藥物治療有效或者腫瘤退縮，就可以採取手術切除，達到無瘤的狀態。