對於惡性的胃腸道基質瘤，比如有手術機會把腫瘤一網打盡，其實這部分病人預後還是相對於胃癌、大腸癌要好的，術後進行規範標靶藥物選擇，如基因檢測之後選擇合適的標靶藥物，長期的控制病人不會出現復發轉移還是非常希望大的。即使發生肝轉移、腹腔種植轉移，在藥物控制前提下採取高質量的外科手術，這些病人生存10年、20年也還是有的。
但是確實有一部分病人，比如做完手術之後，在兩年之內出現復發，這些病人一旦出現復發，出現伊馬替尼耐藥，在後線選擇其他的二線、三線、四線的藥物之後，確實這部分病人相對的預後就會差一些。但是只要按照醫囑，按照有經驗的中心選擇合適的藥物控制，依然可以達到延長壽命的目的。
胃腸道基質瘤是起源於胃腸道的間葉組織腫瘤，其愈後取決於疾病的發展階段，一般通過積極治療和控制是不影響壽命的。
通常情況下，在基質瘤小於1公分時往往為良性，這種類型的基質瘤生長較為緩慢，對病人的生活質量以及生存時間都沒有明顯的影響。但是針對這種基質瘤往往需要加強隨診，如果發現基質瘤迅速增大並伴有出血，應當高度懷疑基質瘤癌變。若基質瘤在2-3公分時，也就是基質瘤的直徑達到2-3公分時，則應當進行干預和治療，所以對於胃腸道基質瘤的病人，如果及時得到有效的隨診和治療則不會影響病人的生存時間。
在日常生活中如果出現胃腸道基質瘤則需儘快到腫瘤科就診，其治療主要以手術切除為主。除此之外，因為基質瘤的主要擴散途徑是血行轉移，較少發生淋巴結轉移，所以術中一般無需淋巴結清掃，可採用腹腔鏡聯合內鏡切除基質瘤作為首選手術方式。
胃腸道基質瘤手術後危險係數低的可以活5年以上，胃腸道基質瘤在進行手術前需要進行術前評估，判斷病情是否危險。病情十分危險的病人不建議進行手術，這類病人的生存時間不超過一年。部分病人的病情惡化程度比較低，這類病人可以選擇手術治療，術後存活的年限與病人腫瘤切除的大小有直接關係。
部分病人是完全切除腫瘤的，這樣的病人5年生存率可以達到50%-60%，但有部分病人會有少量的腫瘤殘餘，這樣就會影響到術後的生存年限，5年生存率在35%左右。在做了手術治療後還應當對病人腫瘤的核分裂進行檢查，當核分裂超過5個的時候病人的生存率就比較低。
末期或者惡性的胃腸道基質瘤病人能活多久，通常存在個體差異，根據診斷時疾病的不同階段，胃腸道基質瘤惡性末期的5年相對生存率從53%-93%不等。
局限性病人，即腫瘤僅限於其發生的器官，5年相對生存率為93%，即93%的病人至少能夠存活5年。如果腫瘤已經長到附近的組織結構，或者擴散到附近的淋巴結，病人的5年相對生存率為81%。如果腫瘤已經擴散到身體的遠處部位，病人的5年相關生存率為53%。
總體而言，標靶藥物的出現，極大改善了胃腸道基質瘤的治療現狀，復發轉移或無法手術治療的胃腸道基質瘤病人，中位生存時間已經從1.5年提高到了5年以上，甚至20%的病人可以生存超過10年，這在21世紀以前幾乎是不可想像的事情。因此即使是末期的病人，也應該以積極心態配合治療，爭取獲得最佳療效。