於曉*胃腸間質瘤是起源於胃腸道的間葉組織腫瘤，其預後取決於疾病的發展階段，一般透過積極治療和控制是不影響壽命的。
通常情況下，在間質瘤小於 1 公分時往往為良性，這種類型的間質瘤生長較為緩慢，對病患的生活品質以及存活時間都沒有明顯的影響。但是針對這種間質瘤往往需要加強追蹤，如果發現間質瘤迅速增大並伴隨出血，應高度懷疑間質瘤癌變。若間質瘤在 2-3 公分時，也就是間質瘤的直徑達到 2-3 公分時，則應當進行干預和治療，所以對於胃腸道間質瘤的病患，如果及時得到有效的追蹤和治療則不會影響病患的存活時間。
在日常生活中如果出現胃腸間質瘤則需盡快到腫瘤科就診，其治療主要以手術切除為主。除此之外，因為間質瘤的主要擴散途徑是血行轉移，較少發生淋巴結轉移，所以術中一般無需淋巴結廓清，可採用腹腔鏡聯合內視鏡切除間質瘤作為首選手術方式。
莊金*胃腸道間質瘤手術後危險係數低的可以活 5 年以上，胃腸道間質瘤在進行手術前需要進行術前評估，判斷病情是否危險。病情十分危險的病患不建議進行手術，這類病患的存活時間不超過一年。部分病患的病情惡化程度比較低，這類病患可以選擇手術治療，術後存活的年限與病患腫瘤切除的大小有直接關係。
部分病患是完全切除腫瘤的，這樣的病患 5 年存活率可以達到 50%-60%，但有部分病患會有少量的腫瘤殘餘，這樣就會影響到術後的存活年限，5 年存活率在 35% 左右。在做了手術治療後還應對病患腫瘤的核分裂進行檢查，當核分裂超過 5 個的時候病患的存活率就比較低。
張穎*晚期或者惡性的胃腸道間質瘤病患能活多久，通常存在個體差異，根據診斷時疾病的不同階段，胃腸道間質瘤惡性晚期的 5 年相對存活率從 53%-93% 不等。
局限性病患，即腫瘤僅限於其發生的器官，5 年相對存活率為 93%，即 93% 的病患至少能夠存活 5 年。如果腫瘤已經長到附近的組織結構，或者擴散到附近的淋巴結，病患的 5 年相對存活率為 81%。如果腫瘤已經擴散到身體的遠處部位，病患的 5 年相關存活率為 53%。
總體而言，標靶藥物的出現，極大改善了胃腸道間質瘤的治療現況，復發轉移或無法手術治療的胃腸道間質瘤病患，中位存活時間已經從 1.5 年提高到了 5 年以上，甚至 20% 的病患可以存活超過 10 年，這在 21 世紀以前幾乎是不可想像的事情。因此即使是晚期的病患，也應該以積極心態配合治療，爭取獲得最佳療效。
對於惡性的胃腸道間質瘤，如果能有手術機會將腫瘤一網打盡，其實這部分病人預後還是相對於胃癌、腸癌要好的。術後進行規範標靶藥物選擇，如基因檢測之後選擇合適的標靶藥物，長期控制下病人不出現復發轉移的可能性還是非常大的。即使發生肝轉移、腹腔散播轉移，在藥物控制前提下採取高品質的外科手術，這些病人存活 10 年、20 年也還是有的。
但是確實有一部分病人，例如做完手術之後，在兩年之內出現復發，這些病人一旦出現復發，出現 Imatinib 耐藥，在後線選擇其他的二線、三線、四線的藥物之後，確實這部分病人相對預後就會差一些。但是只要按照醫囑，按照有經驗的醫學中心選擇合適的藥物控制，依然可以達到延長壽命的目的。