胃腸道基質瘤一旦發生轉移，意味著腫瘤進入病情非常晚的階段。但是胃腸道基質瘤有很好的標靶藥物去控制，所以即使發生轉移，病人通過很好的病情評估，做規範的病理和分子診斷學的檢查，明確導致腫瘤驅動的基因，從而選擇非常有針對性的標靶藥物。
有接近一半以上的病人可以達到轉化的效果，所謂轉化就是通過藥物從不可切除的情況，變成可以手術切除所有腫瘤，達到無瘤狀態生存的良好情況。同時結合手術的干預、結合標靶藥物聯合使用，很多即使發生轉移的胃腸道基質瘤病人，依然可以達到很長期的生存。
存活5年或者10年發生轉移的胃腸道基質瘤病人並不少見，所以大家一定要建立信心，在有經驗的中心，有經驗的、專業的胃腸道基質瘤醫生的指導下，選擇合適的標靶藥物。在藥物治療控制有效的情況下，採取外科干預的機會，讓轉移病灶和原發病灶一網打盡，達到很好的無瘤狀態。
胃腸道基質瘤是相對惡性程度偏低的腫瘤，標靶藥物治療效果較好，胃腸道基質瘤轉移以後，如果能得到有效治療，存活時間相對較長，可存活3-5年甚至更長時間。
一方面與轉移數目、大小及分布在不同器官有關，一方面也與病人身體條件、個體差異有關，但可以肯定的是胃腸道基質瘤即便轉移以後用藥物治療，效果也比較好。
如果病人已經出現胃腸道基質瘤轉移，局部轉移可以通過手術方式來再次手術，進行切除，反覆切除，如果出現全身轉移，則可以通過標靶藥物治療來抑制控制腫瘤生長，儘可能延長病人生命。
目前標靶藥物治療對胃腸道基質瘤非常有效，出現轉移後如果能得到有效治療，非常有希望生存3-5年甚至更長時間。
末期胃腸道基質瘤通常是指已經出現了復發轉移，沒有手術機會的腫瘤，對於這部分腫瘤，通常暫時不考慮手術，可以先考慮伊馬替尼治療。腫瘤縮小以後，病人的各方面情況允許，再考慮進行手術治療，儘量完整切除腫瘤和耐藥的腫瘤克隆。
如果無法手術，腫瘤繼續發展，可以考慮進一步更換藥物治療。通常藥物的選擇根據TKI的治療推薦一線、二線、三線來進行選擇，通過藥物的治療能夠控制腫瘤，延長病人的生存。近年來有多款針對胃腸道基質瘤的標靶藥物在國內獲批，除了最常用的一線伊馬替尼之外，還有二線的藥物舒尼替尼，三線的藥物瑞戈非尼，以及2021年獲批上市的四線藥物瑞派替尼，以及針對D842V突變的阿伐替尼，這些藥物都是復發轉移的胃腸道基質瘤病人的標靶藥物選擇。
末期的胃腸道基質瘤病人長期服用這些標靶藥物，承受著較重的經濟負擔和不良反應，同時處於復發轉移的心理壓力之下，經常會覺得焦慮不安，生活質量受到影響。但隨著醫學的進步和科技的發展，胃腸道基質瘤生存的情況已經大大改善，胃腸道基質瘤已經進入了慢性病的範疇，即使是末期腫瘤，通過積極的治療，總體治療效果也比胃癌或者大腸癌要好。因此病人應該抱有信心，積極樂觀的心態才能夠戰勝病魔。