胃腸道基質瘤術後復發風險、復發率是根據不同指標來確定的，接受高質量的外科手術之後，會進行指標的評價，如果評價後是低復發風險，這部分病人的復發整體的比例一般不超過3%-5%。所以這部分病人術後也不需要特殊的標靶藥物治療，只需要規律隨訪就可以。
但是對於中危、高危的病人，復發風險就開始升高。比如胃的中危病人，復發風險大概在8%。對於位於小腸或其他非胃部位的復發風險接近20%-30%。對於高危復發風險的病人，整體的復發風險是在50%-60%的，當然這些復發比例是在不用藥的前提下。
目前常用的評判的標準，取決於以下幾個因素：
- 取決於位於的部位：胃是最常見的，其次是小腸，然後是結直腸、食道等部位。
- 取決於在病理下惡性程度的指標：比如核分裂象，核分裂象多的惡性程度越高，核分裂象低的惡性程度越低。
- 取決於腫瘤有沒有破裂：一旦發生破裂，種植、復發風險是明顯升高的。
還有特殊的情況，比如現在也會去看分子的指標，比如基因突變類型是C-KIT突變，是C-KIT的哪個外顯子突變，PDGFRα基因突變，還是少見的NF1、BRAF、SDH缺陷等基因突變，這些不同的基因類型，復發風險也是有所差異的。
中危和高危的復發風險率比較高，所以現在也有好標靶藥物去控制，標靶藥物介入之後，整體的復發風險都在下降。位於胃的中危的，幾乎在術後伊馬替尼治療期間是不會出現復發的。對於小腸或者是高危的胃腸道基質瘤，在用藥的時候整體的復發風險，會降到接近1/3，從60%降到30%不到。
所以即使用藥也有可能出現復發轉移，這也是為什麼這部分病人，術後還是需要接受檢查的目的。即使吃藥，也不要忽略定期去就診中心，進行規範的隨訪複查。
胃腸道基質瘤手術以後復發，需要做一個全面的評估，包括腫瘤的位置、大小，和周圍臟器的關係，遠處有無轉移，當然還需要做一個全面的身體評估，比如心、肝、肺、腎功能，這樣才能定一個治療方案。
如果評估之後病人可以手術，那麼手術是首選的方案。如果病人屬於不可切除或者潛在可切除的狀態，建議切片檢查再次做基因檢測，根據檢測的結果，以及之前治療的用藥狀態，採取相應的標靶藥物治療。大概有5種藥物，包括伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼，還有瑞派替尼、阿伐替尼，這幾種藥物針對腫瘤的治療特異性，還是相對不一樣的，比如C-KIT11外顯子的突變，伊馬替尼的治療效果會更好一點。復發轉移以後，如果伴有13、14外顯子的突變，可能更會考慮舒尼替尼，17、18考慮瑞戈非尼，當然如果還有其他更複雜的突變，可能考慮瑞派替尼，因為它對幾乎所有的突變類型，都會有一個明顯的治療效果。
在藥物治療的過程中看腫瘤的退縮狀態，再次評估能否在復發轉移經過內科治療之後，有再手術的機會，這樣能夠讓病人獲得更長、更遠的治療效果，同時能夠減少腫瘤對病人生活質量的影響，這也是對於復發轉移病人來講比較好的治療策略。總的來講，對於復發轉移的病人來講，治療起來的難度還是蠻大的，需要多學科的討論，再根據討論的結果，確定後續的治療方案。
惡性胃腸道基質瘤手術後會出現復發轉移，根據腫瘤大小、顯微鏡下核分裂象情況以及腫瘤部位，將胃腸道基質瘤分復發風險度分成四級，包括極低危、低危、中危、高危。
極低危病人後復發機率為0%，基本不會再復發轉移。隨危險度分級升高，手術後出現復發轉移可能性會逐漸增高。所以胃腸道基質瘤在手術後會出現復發轉移，通常病人出現復發轉移部位均為原發部位，有可能會出現復發。腹腔種植性轉移有可能出現，如原來僅出現於胃，後面可能出現在於腹腔、骨盆腔、腸道表面，該腫瘤也易沿血液出現轉移，可能會轉移到肝臟、肺、骨等部位。所以胃腸道基質瘤病人，手術後仍會出現復發轉移。應對這部分中危的或者高危的病人尤其重視，進行定期複查隨訪。
