胃腸道間質瘤手術以後復發，需要做一個全面的評估，包括腫瘤的位置、大小，和周圍臟器的關係，遠處有無轉移，當然還需要做一個全面的身體評估，例如心、肝、肺、腎功能，這樣才能訂定一個治療方案。
如果評估之後病患可以手術，那麼手術是首選的方案。如果病患屬於不可切除或者潛在可切除的狀態，建議活體組織切片再次做基因檢測，根據檢測的結果，以及之前治療的用藥狀態，採取相應的標靶藥物治療。大概有 5 種藥物，包括 Imatinib、Sunitinib、Regorafenib，還有 Ripretinib、Avapritinib，這幾種藥物針對腫瘤的治療特異性，還是相對不一樣的，例如 C-KIT 11 外顯子的突變，Imatinib 的治療效果會更好一點。復發轉移以後，如果伴隨 13、14 外顯子的突變，可能更會考慮 Sunitinib，17、18 考慮 Regorafenib，當然如果還有其他更複雜的突變，可能考慮 Ripretinib，因為它對幾乎所有的突變類型，都會有一個明顯的治療效果。
在藥物治療的過程中看腫瘤的退縮狀態，再次評估能否在復發轉移經過內科治療之後，有再手術的機會，這樣能夠讓病患獲得更長、更遠的治療效果，同時能夠減少腫瘤對病患生活品質的影響，這也是對於復發轉移病患來講比較好的治療策略。總的來講，對於復發轉移的病患來講，治療起來的難度還是蠻大的，需要多專科的討論，再根據討論的結果，確定後續的治療方案。
胃腸道間質瘤術後復發風險、復發率是根據不同指標來確定的，接受高品質的外科手術之後，會進行指標的評估，如果評估後是低復發風險，這部分病人的復發整體比例一般不超過 3%-5%。所以這部分病人術後也不需要特殊的標靶藥物治療，只需要規律追蹤即可。
但是對於中度危險、高度危險的病人，復發風險就開始升高。例如胃的中度危險病人，復發風險大概在 8%。對於位於小腸或其他非胃部位的復發風險接近 20%-30%。對於高度危險復發風險的病人，整體復發風險是在 50%-60%，當然這些復發比例是在不用藥的前提下。
目前常用的評估標準，取決於以下幾個因素：
取決於腫瘤位於的部位：胃是最常見的，其次是小腸，然後是結直腸、食道等部位。
取決於病理下惡性程度的指標：例如核分裂相，核分裂相多的惡性程度越高，核分裂相低的惡性程度越低。
取決於腫瘤有沒有破裂：一旦發生破裂，散播、復發風險會明顯升高。
還有特殊的情況，例如現在也會去看分子的指標，例如基因突變類型是 C-KIT 突變，是 C-KIT 的哪個外顯子突變，PDGFRα 基因突變，還是少見的 NF1、BRAF、SDH 缺陷等基因突變，這些不同的基因類型，復發風險也是有所差異的。
中度危險和高度危險的復發風險率比較高，所以現在也有很好的標靶藥物去控制，標靶藥物介入之後，整體復發風險都在下降。位於胃的中度危險的，幾乎在術後 Imatinib 治療期間是不會出現復發的。對於小腸或者是高度危險的胃腸道間質瘤，在用藥的時候整體復發風險，會降到接近 1/3，從 60% 降到 30% 不到。
所以即使有用藥也有可能出現復發轉移，這也是為什麼這部分病人，術後還是需要接受檢查的目的。即使吃藥，也不要忽略定期去就診中心，進行規範的追蹤檢查。