腎積水發生的原因主要在於泌尿系統的梗阻，所以在腎積水的治療中，最重要的就是去除梗阻、通暢尿液，從而改善或者治癒積水。
先天性腎盂輸尿管連接處狹窄，具有異位血管的牽拉，一般通過腎盂成形的手術進行治療。
輸尿管疾病如輸尿管結核、結石、腫瘤等疾病引起的腎積水，通過針對不同的疾病，採取不同的治療方式，改善腎積水。結石可以進行體外碎石或者手術碎石，腫瘤尤其是惡性腫瘤，需要行腎臟和輸尿管全長切除。
如果是下尿路阻塞，通常是以解決下尿路阻塞為主要的治療手段，如果是攝護腺肥大引起的腎積水，需要行經尿道攝護腺肥大電切，如果是尿道狹窄引起的腎積水，就要行尿道修復手術。
對於存在感染等因素，不能夠立即行病因治療的腎積水，通常採用留置雙J導管或者腎穿刺造瘺，引流尿液，待感染控制後再行積水病因的治療，如果積水非常嚴重，造成腎臟的不可逆損害，有時要行腎臟全切手術。
腎積水的治療，需要根據病人病情的嚴重程度，選擇不同的方法進行治療。
輕度腎積水需要觀察、等待，在平時觀察腎積水變化，如果繼續加重，便需要進行處理。如果積水程度很輕，沒有明顯變化，可以繼續觀察。
如果腎積水程度較重或逐漸加重，此時需要找出原因並進行針對性治療，腎積水常見的原因，包括阻塞性因素，如腎與輸尿管連接處狹窄、輸尿管囊腫、腎結石、輸尿管結石等。如果腎積水程度較重或合併感染，需要及時進行處理，具體方法如下：
對症治療：通過放支架管、雙J導管，將狹窄部位擴張，將腎臟內的積水引流過來。
對因治療：如果病人因某個部位狹窄而發生腎積水，通常需要通過手術將其切除。如果存在結石，需要取出結石。如果存在囊腫，需要將囊腫切除。如果病人因下尿路阻塞出現逆流性腎積水，如攝護腺肥大，需要將攝護腺切除，如果存在神經源性膀胱，可能需要通過膀胱穿刺造瘺術，減輕膀胱內的尿液蓄積，以免腎積水損傷腎臟功能。
出現腎積水之後，需要針對於原因進行治療才能改善狀況。
如果是由於輸尿管結石梗阻而造成的腎積水，需要根除病因去除結石。可以採用微創手術的方式治療，比如體外衝擊波碎石、經皮腎鏡碎石術、輸尿管鏡碎石取石術等。
如果病人是由於輸尿管狹窄而引起的腎積水，可以根據狹窄的不同成因放置不同材質不同周徑的輸尿管支架，能夠解除輸尿管梗阻，能夠緩解腎積水症狀，既可以保護腎臟，又能夠提高病人的生活質量。
如果重度腎積水已經引起了腎實質嚴重破壞，必要時可以通過切除腎臟的方式治療，具體要謹遵醫囑。