做仰臥起坐腰痛的原因主要是短時間劇烈運動導致體內乳酸積聚增加，刺激肌肉導致疼痛，以及運動不當導致肌肉拉傷引起。
如果腰痛不是非常明顯，可以採用就地休息，減少運動量，初期局部冰敷，後期局部熱敷等方法緩解疼痛。
如果疼痛劇烈，則懷疑腰扭傷等情況，應當立即臥床休息，具體姿勢以能減輕腰部疼痛的姿勢為準。如疼痛嚴重，需要在制動的情況下，初期給予支具或腰托固定腰部。積極冰敷，受傷現場如果沒有正規的冰袋，就可以找一些冰塊用濕毛巾包繞或用冷藏的飲料敷於患處。
冰敷的同時，建議積極去醫院進行檢查就診，根據傷情進行進一步的檢查，如X線片、CT、核磁共振等。目的是排除骨折，腰部扭傷可以引起橫突或者棘突的骨折。明確病情後進行針對性的治療和復健鍛煉。
做仰臥起坐時，因為有較急劇的前屈，即腰部的前屈，前屈時能夠增加椎間盤的負荷，有可能會誘發腰部的疼痛，所以建議急性期時應該避免做仰臥起坐。急性期時，應該減少活動。
慢性期或者沒有症狀的時候，如果要做腹部鍛煉，實際上適當的鍛煉還是有好處，如做腰部訓練、腹部訓練，腰腹部的肌肉力量增強以後，可以增加腰椎的穩定性。如果要做仰臥起坐，可以做半程的仰臥起坐，做到45度左右，而不要強力屈曲，這樣不會特別增加椎間盤的壓力，可避免腰痛加重。同時也可以改用其它的鍛煉方式，如平板支撐，既能鍛煉腹肌，又能避免增加腰部負荷。
仰臥起坐時出現腰痛症狀為不正常的現象，如果病人腰椎肌肉強大、關節穩定，一般情況下不會出現腰痛情況。
仰臥起坐時需要頻繁使用豎脊肌、腰椎小關節韌帶，活動時不斷牽拉這些肌肉和韌帶，小關節之間也有微小活動，會造成微小損傷，如果腰椎不穩定、肌肉比較薄弱，不能有效保護腰椎才會出現腰痛。腰痛的信號提示腰椎有一定炎症，應當增加腰背肌肉功能鍛煉，可以做小燕飛、仰臥而向後反轉，增加腰椎強度並增加肌肉功能，從而保護腰椎。做五點支撐也有利於腰椎穩定，減輕腰痛發生。
出現腰痛的病人應保持良好生活習慣，防止腰部受涼，防止過度勞累，站立及坐姿應正確，脊柱不正會造成椎間盤受力不均勻。同一姿勢不應保持過久，適當活動可解除腰背肌肉疲勞。
仰臥起坐引發的腰痛，與單純運動導致腰部疼痛有關。因為這類運動需要在腰肌配合下完成，在經過大幅度鍛煉以後，腰部肌肉受力太多，會引發腰部肌肉酸痛，多數因運動強度過大導致，在靜養一段時間以後便可以很快緩解。
如果自身腰部有原發性疾病，像椎間盤突出，病人在前屈腰椎時，會誘發椎間盤突出對神經根、硬膜囊的受壓，從而導致臨床症狀加重。
另外，存在腰部慢性勞損的病人，在行仰臥起坐以後，也會誘發腰部疼痛。針對有腰部原發疾病的病人，尤其是有椎間盤突出的病人，儘量減少仰臥起坐一類的運動。