心肌酵素偏高可根據具體的病因採用休息、改善心肌供血和代謝的藥物等方法來使其降低。
當化驗發現心肌酵素高的時候，首先要明確引起心肌酵素增高的原因。針對病因進行治療才可使心肌酵素降下來。常見引起心肌酵素升高的原因有急性心肌梗塞、心肌炎、心臟衰竭、外傷以及糖尿病、甲狀腺功能減低、電解質異常等。
冠心病急性心肌梗塞時心肌酵素增高，首先要保持安靜休息狀態；同時可應用改善心肌供血的藥，主要包括硝酸酯類藥物、β受體阻斷劑和非二氫吡啶類鈣阻斷劑。硝酸酯類藥物，主要包括硝酸甘油、消心痛、依姆多和欣康等。β受體阻斷劑包括美托普洛、比索洛爾、 Carvedilol 等。合心爽是常用的非二氫吡啶類鈣阻斷劑。如果是微血管性心絞痛，還可選擇尼可地爾。
病毒性心肌炎以綜合治療為主。急性期應絕對臥床休息，補充含維他命和蛋白質的食物。也可應用營養心肌和改善代謝的藥物。有嚴重併發症的病人可短期使用激素減輕心肌水腫。還可採用黃耆、生脈注射液、輔酶Q10等具有抗病毒、調節免疫功能的藥物。
心臟衰竭時除臥床休息、使用改善心肌供血等藥物外，還可根據情況應用利尿劑、血管擴張劑等藥物減輕心臟前後負荷，促進心肌恢復。
糖尿病、甲狀腺功能減低、電解質異常等引起的心肌酵素增高主要是治療原發病，控制血糖、補充甲狀腺激素、糾正電解質異常等。
出現心肌酵素升高之後，一般是可以自己降下來的，但是需要看具體情況，並且下降也需要一個過程。
如果是心肌酵素出現升高的情況，提示有心肌損害，因為在心肌損害之後會導致心肌細胞膜通透性升高，從而導致心肌酵素從心肌細胞里排出到血液里，出現心肌酵素升高的情況。心肌酵素升高可見於急性心肌梗塞、病毒性心肌炎等容易引起心肌損害的疾病，心肌酵素升高是心肌細胞損害的一種反應性表現，症狀相對輕的病人即便沒有治療干預，隨著心肌細胞的自我修復，在出現心肌酵素高峰之後會逐漸出現下降的情況。
每種不同的心肌酵素在出現心肌損害之後，變化時間曲線是不一樣的，比如肌鈣蛋白在心肌損傷之後的3-4個小時就會升高，在10-24小時會達到高峰，在72小時之後逐漸下降，在7-10天的時間基本可以恢復正常。
如果心肌酵素持續升高，沒有下降趨勢，需要進一步做檢查明確病因，比如有梗死之後的再梗情況，出現甲狀腺功能異常、肌溶解等。
心肌酵素偏高說明心肌存在著一定的損傷，心肌損傷造成心肌酵素釋放到血液中才會檢測到心肌酵素偏高，所以心肌酵素偏高是心肌損傷的標誌。在臨床上心肌損傷的基礎疾病並不相同，要根據不同的原因，採用不同的治療方法。
如果病人存在著嚴重的心肌缺氧症狀，比如嚴重的胸痛，同時伴有心肌酵素偏高則說明是心肌梗塞。如果發生急性心肌梗塞，治療包括再血管化治療以及抗凝、抗血小板、抗心肌缺氧的治療等這些綜合治療方法。
有時急性心臟衰竭也會存在著灌注不足，而引發心肌酵素偏高和一定程度的心肌損傷，這時主要是針對急性左心臟衰竭的治療。急性心肌炎症也會造成心肌損傷而出現心肌酵素增高，而急性心肌炎的治療多是休息，這種病程多為自限性。主要是針對出現的心臟衰竭、心律失常等併發症進行針對性治療，而心肌炎本身都是自限性，在休息狀態下可逐漸恢復正常。
