慢性鼻竇炎的治療包括藥物治療和手術治療。慢性鼻竇炎的人群如果沒有鼻息肉，可首選藥物治療，如果同時出現鼻腔結構異常或者鼻息肉時，可以行手術治療。
藥物選擇包括鼻噴糖皮質類固醇類藥物，這是治療鼻竇炎的一線藥物，主要可抑制異常的免疫反應，還能減輕鼻腔所帶來的水腫現象。藥物治療還包括抗生素治療，可以選擇大環內酯類藥物或頭孢類藥物。還包括抗組織胺藥，也就是常說的抗過敏藥，主要針對一些由於呼吸道過敏因素導致的鼻竇炎，此外還有黏液促排劑、鼻腔鹽水盥洗和一些中藥等。
對於藥物治療無效，甚至出現鼻息肉或者是由於明顯鼻腔鼻竇解剖結構異常導致鼻竇炎的病人，就要考慮採取手術治療了，主要包括鼻內鏡下鼻腔鼻竇手術。對於兒童還包括和腺樣體切除手術。個別病人出現了鼻竇炎導致眼眶或顱內併發症時也要儘早手術。
慢性鼻竇炎的治療涉及到鼻炎和鼻竇炎的治療規範問題。如果病人的臨床症狀超過三個月，通過一定的影像學檢查，發現鼻竇確實存在炎症改變，此時可診斷為慢性鼻竇炎。如果鼻腔內沒有明顯的息肉，或者沒有明顯的鼻腔結構的問題，例如鼻中隔彎曲或中鼻甲氣化等問題，首先還是考慮藥物治療。
規範的藥物治療包括鼻腔局部用藥，口服類藥物如羅紅黴素以及促排黏液藥物、抗組織胺類藥物等，通過這些藥物進行規範治療。當藥物規範治療後，病人臨床症狀仍未緩解，或影像學複查與之前沒有明顯變化，此時可以考慮手術治療。現在的手術治療主要是微創手術，根據病變範圍，做相對功能性的手術，儘量保存正常的黏膜或結構。
慢性鼻竇炎要根據分型治療，需要判斷慢性鼻竇炎是單純性的鼻竇炎，還是伴有鼻息肉或者其他新生物的鼻竇炎。如果是單純的慢性鼻竇炎，由於鼻腔阻塞、鼻甲肥大或竇口阻塞、黏膜增生和肥厚導致，相對治療起來比較簡單。
一般慢性單純性鼻竇炎初期可以先保守治療，應用噴鼻藥物，如現在臨床用的比較多的是糖皮質類固醇類的糠酸莫米松、布地奈德等藥物，進行鼻腔的噴霧治療，減輕鼻腔阻塞，竇口打開，引流則會通暢。
如果是感染型的鼻竇炎，可以再口服一些黏膜促排藥物，或者克拉黴素等，促使鼻竇腔黏膜的炎症刺激減輕，有利於恢復，這是慢性單純性鼻竇炎進行保守治療的措施。
如果竇口阻塞，竇腔分泌物引流困難或者引流不出，伴有黏膜肥厚，這個時候要考慮手術治療，把鼻竇竇口打開，引流通暢，有利於竇腔的分泌物引流，這樣恢復會更快。
如果慢性鼻竇炎伴有鼻息肉，這種治療單靠保守治療可能達不到治療效果，因為長期的慢性炎症增生和肥厚，靠藥物不能去除，可能還要考慮手術治療。
經過手術治療把鼻息肉去除以後，竇口進一步擴大，可以促進竇口引流，分泌物出來以後，才能緩解和減輕黏膜炎症，有利於恢復。