引起肝腫瘤的原因眾多，可以分為良性腫瘤和惡性腫瘤。而良性腫瘤中又有很多不同類型，引起的原因差異比較大。但總體歸結起來良性腫瘤引起的原因，絕大部分是先天性的發育異常、畸形，或者後天因素的刺激而導致，比如常見的肝囊腫，是先天性的肝內膽管或者淋巴管發育異常而形成，或者肝血管瘤，是因為肝內動靜脈先天性畸形而生成。此外一些局灶性結節性增生，是因為局灶性的肝細胞異常增生而形成，所以像這類良性腫瘤，絕大部分都是屬於先天性畸形、異常或者增生而導致。
但惡性腫瘤就不一樣了，惡性腫瘤的增生極快，癌細胞已經缺乏了原有的抑制機制，變成無限增殖。這種情況下容易發生在長期反覆的細胞損害而導致，因為長期、反覆的細胞損害，體內要過度增生。細胞過度增生的過程中容易導致基因錯配，以致癌細胞的發生，比較常見的原發性肝癌，最常見的就是B型肝炎、酒精肝、脂肪肝。這些情況容易導致肝功能反覆損害，而肝功能反覆損害以後肝細胞壞死、異常增生。這種情況很容易出現肝硬化、結節，逐漸轉化成肝癌的發生。而膽管癌也同樣是因為結石炎症的刺激因素，容易導致膽管癌的發生。
通常肝臟出現腫瘤原因較多，可能為先天性或後天性，如酒精、病毒等引起，也可能為肝臟分解代謝過程中，由於不明病理因素引起肝臟良性腫瘤，如肝囊腫、肝血管瘤等，在發育過程中膽汁或血液排放不暢，造成瘤樣擴張或囊性病變。
臨床上常見的原發性肝癌主要與B型肝炎病毒感染密切相關，90%的原發性肝癌病人均曾感染過B型肝炎病毒，感染後會導致肝細胞壞死，出現肝纖維化、肝硬化結節再生，而肝硬化結節理論上屬於肝癌的癌前病變，此類人群屬於體檢高危人群。對於出現肝癌的癌前病變病人，通常在體檢過程中，需要嚴密觀察甲型胎兒蛋白變化，是否存在新生結節以及結節有無增大，通過及時發現、及時手術，對於初期肝癌病人治療效果較好。
肝腫瘤是比較常見的消化系統腫瘤，根據病理性質不同，主要分為肝良性腫瘤和肝惡性腫瘤，引起的病因不一樣。
肝良性腫瘤當中，如肝血管瘤可能是先天性的血管畸形，或者是外傷等原因引起的。還有像肝囊腫，病因也不明確，有可能與肝炎感染，還有其他先天性的因素有關。
在所有的肝腫瘤當中，肝惡性腫瘤研究最多，但是目前具體的病因不太確切，認為可能與肝炎病毒感染有關。比如最常見的肝癌病因是B型肝炎後形成肝硬化逐漸發展到肝癌，其他還有長期酗酒、酒精性肝硬化等。
對於肝腫瘤如果是良性病變，小的不需要特殊治療，長得較大可考慮手術或者介入治療。如果是惡性腫瘤爭取初期手術根治可能效果比較好，大部分中末期肝癌不能手術，只能夠做其他的姑息抗腫瘤治療。