發燒後頭痛一陣一陣的痛考慮是腦部血管擴張、腦部感染造成，此時應該及時降溫處理，如果疼痛無法緩解，建議及時前往醫院就診。
腦部血管擴張：當機體出現發燒症狀時，會造成血液速度加快，血管擴張。血流量也隨之增加，同時病人血壓也會升高，當血壓升高後，可能會壓迫腦組織以及腦神經，誘發頭部陣痛，表現為發燒後頭一陣一陣痛。此時建議病人多飲水，促進機體新陳代謝，使用溫毛巾進行全身擦浴。如果體溫超過38.5℃，則需要在醫生的指導下使用布洛芬混懸液、普拿疼口服混懸液降低體溫，緩解頭痛。
腦部感染：如果病人發生高燒，細菌入侵腦組織，造成腦部炎症，由於炎症因子的刺激，會出現發燒後頭一陣一陣痛，並伴隨有抽搐、嘔吐，甚至昏迷，此時應及時前往醫院神經內科就診，並在醫生的指導下使用抗感染以及護腦的藥物，如注射用頭孢哌酮鈉、注射用頭孢曲松鈉、腦復康注射液等，同時注意休息，避免感染加重。
在日常生活中，當出現發燒症狀時，應及時採用物理治療或者藥物治療對症處理，避免高燒驚厥或者腦部感染的發生。
發燒之後出現頭痛，是因為發燒的病人腦血管擴張，腦血流增快而出現疼痛，同時發燒的病人，血液循環中的致炎因子可以產生疼痛，可以使中樞神經系統出現疼痛。此外，發燒的病人有的可以出現睡眠倒錯，或者是入睡困難，也可以引起神經性頭痛。
還有少數人是因為發生了中樞神經系統的感染。發燒之後病人如果出現頭痛，可以對症給予解熱止痛藥物進行治療，同時要排查引起頭痛的原因，然後有針對性的給予藥物治療，以防止病情的惡化隨著體溫的降低，治療的有效，病人的症狀會逐漸好轉。
發燒頭痛是因為發燒引起腦部血管及全身血管的擴張，由於腦部血管擴張可以導致腦部的缺氧而引起頭痛。這種頭痛如果不很嚴重的情況，通過物理降溫的方法使體溫下降，頭痛可以得到緩解。物理降溫就是頭上放置冰袋，用溫水擦浴，可能得到緩解。
另一種情況發燒頭痛是因為細菌或者病毒感染以後，導致部分的炎症介質釋放而引起頭痛，要給予全身的抗炎治療，同時還可以使用非類固醇類的解熱鎮痛藥物，比如樂松、普拿疼、阿斯匹靈等藥物，服藥以後可能使頭痛緩解，在服藥過程中讓病人多喝水幫助排毒。如果病人發燒頭痛比較嚴重，伴有噁心、嘔吐、精神差的情況下，應該積極的到院內診治，注意顱內感染，顱內感染是相當嚴重、危險的，應該得到儘早的治療。