吃了甲硝唑以後胃不舒服，大多數是因為藥物當中的成分刺激胃黏膜，可以適當地喝一些溫開水，稀釋胃部藥物濃度，減輕藥物對胃部黏膜產生的刺激。用藥期間要避免食用辛辣刺激、生冷的食物，儘量以清淡易消化的食物為主，以免加重胃不舒服的症狀。
在吃了甲硝唑藥物以後，如果胃不舒服的症狀嚴重，難以忍受，通過飲食調理以後也沒有得到有效的改善，需要及時前往醫院就診。可在醫生的建議下減少甲硝唑的用藥量或者停止用藥，更換其他抗生素或更換其他劑型。也可遵醫囑使用抑酸藥物或胃黏膜保護劑來緩解症狀，如 Omeprazole 、 Rabeprazole 、 Sucralfate 膠囊、膠體果膠鉍膠囊等。
甲硝唑一般需要避免在空腹的狀態下服用，可以在飯後半小時服用，避免藥物刺激胃黏膜。用藥的劑量和用藥的周期需要在醫生的指導下明確，需要結合個人的體質和病情的輕重程度決定，不可盲目自行用藥。
如果吃了甲硝唑噁心胃不舒服，可能跟甲硝唑刺激胃黏膜導致的副作用有關，需要具體情況具體分析，不要一概而論。若症狀輕微，可以不做特殊處理。如果症狀嚴重情況下，可以考慮換其他藥物代替治療，也可以口服一些保護胃黏膜藥物，緩解噁心嘔吐的症狀。
如果是輕微的噁心、胃不舒服，可能是甲硝唑刺激胃黏膜導致，大多數為一過性表現，等病人停藥以後可能過1-2天症狀就會逐漸緩解。病人可多喝水，飯後再吃甲硝唑，減輕藥物對胃黏膜的刺激作用。
如果噁心、嘔吐、胃痛等副作用明顯，持續不緩解，病人又必須使用針對厭氧菌的藥物進行抗感染治療，可以考慮換用替硝唑，替硝唑作用與甲硝唑類似，但是胃腸道副作用可能稍微輕一些，可在醫生指導下進行換藥治療。
胃黏膜受刺激不舒服，可以加用保護胃黏膜藥物協同治療，比如 Hydrotalcite 、 Sucralfate 混懸凝膠、復健新液等保護胃黏膜，避免胃黏膜嚴重受刺激，也可以口服維他命B6來緩解噁心嘔吐症狀。
建議口服甲硝唑期間，注意清淡飲食，避免暴飲暴食、大魚大肉等不健康飲食習慣，可幫助減輕藥物對於胃黏膜的刺激作用。
甲硝唑最主要的副作用就是對胃腸道有刺激症狀，比如服藥以後會感覺胃腸道不適，表現為噁心、嘔吐、腹痛、腹脹等不良反應。建議服用甲硝唑的時間是飯後服用，飯後服用就是吃飯後15分鐘到半個小時之內服用，可以減輕胃腸道不良反應。這種不良反應會隨著服藥時間增加可能有所緩解，如果得不到緩解或不能耐受，建議停藥或者諮詢醫師或者藥師後進行藥物更換。
在服用甲硝唑的時候，口腔可能會有金屬味道。另外，甲硝唑還有一個典型的不良反應，在服藥期間禁止飲酒，否則容易引起雙硫侖樣反應，甚至在七天之內最好也不要飲酒，還要看個人對酒精的耐受程度以及酒精的度數，所以最好在服用甲硝唑期間及七天之內都不要飲酒。