腎結石能不能通過吃藥排出結石主要取決於結石本身的性質。通常小於0.6公分，且光滑，在體內停留時間短，沒有尿路阻塞的結石，吃藥更容易排出。
通常建議服用的藥物，包括抗生素類藥物，結石容易誘發感染，通常要預防性的應用抗生素治療，特別是結石引起梗阻積水的時候，常用的藥物有左氧氟沙星、頭孢地尼、磷黴素等等。然後是α受體阻斷劑，全球公認α受體阻斷劑，能夠擴張和鬆弛輸尿管，增加中下段結石排出的機率，常用的有 Tamsulosin 、 Doxazosin 、 Silodosin 等等。再就是消炎鎮痛類藥物，包括布洛芬、雙氯芬酸鈉、吲哚美辛栓等等，這些藥物能夠消除組織學的炎症，減輕水腫，並且有緩解疼痛的作用。也可以合用M受體阻斷劑或者解痙類藥物，比如 Tolterodine 、 Solifenacin 、黃體素等等。
吃藥期間要注意多飲水，適當增加運動量，還要定期複查看結石是否真正排出。
通過口服藥物治療，多數腎結石的病人在2-3週左右，可將結石排出體外。當腎結石病人的結石小於0.6公分時，通過藥物保守治療，約80%的病人可以將結石排出。當結石較大時，如結石在0.6-1.0公分時，由於結石較大，往往不能自行排出，需要配合體外衝擊波碎石治療或微創碎石治療。通過體外衝擊波治療，可以將較大的結石打碎，再配合口服藥物將結石排出體外。
病人在排石過程中，應大量飲水、大量活動，可以促進結石排出體外。在排石過程中，應口服擴張輸尿管的藥物，如口服 Anisodamine ，可以明顯擴張輸尿管平滑肌，促進結石排出體外。在排石過程中，還可以選擇α受體阻斷劑口服，通過口服α受體阻斷劑，也可以明顯擴張輸尿管平滑肌，促進結石排出體外。腎結石病人在口服藥物治療後，通常需要採取體位排石治療。通過上述治療後，多數病人在2-3週左右，可以將結石排出體外。
腎結石能否靠藥物來保守治療排出結石，很大程度上是取決於結石本身的性質，也就是結石的大小、光滑程度，結石在身體裡的梗阻部位以及停留時間。如果結石比較小且光滑，在體內停留時間不長，或者梗阻不嚴重，通常是可以應用藥物保守治療，達到排石的目的，但如果結石過大與輸尿管、腎盂有了沾黏，或者進行過其它的治療然後失敗的，通常很難用中藥來達到治癒的目的。
中藥也是起到排石的作用，通過消炎、利尿，促進腎盂輸尿管的蠕動，促進輸尿管擴張等機理，促進結石排出，並不能將結石由大化小。常用的排石的中藥，有排石湯，草藥主要有折線、金錢草、雞內金、海金沙等，另外有一些中成藥，比如排石沖劑、尿石通、腎石通、複方金錢草顆粒等等，也可以用來治療小的腎結石，還有一個原則就要大量飲水，爭取使每日尿量保持在2000毫升以上，還要多活動，才有利於結石的排出。