腎結石的治療方法很多，是一個綜合治療體系。包括保守治療，藥物治療，手術治療等等的一個綜合治療體系。
腎結石需要達到手術治療的指征，一般是要大於兩厘米，或者合併嚴重的腎積水，感染，或者血尿等情況。目前臨床泌尿外科微創技術發展迅猛，有很多先進的微創手術技術，可以治療腎結石，而且對腎功能的保護是非常好的，甚至優於體外震波碎石對腎功能的保護。
根據腎結石的大小和位置，有幾種不同的微創手術方法。首先就是小於2.5公分的腎結石，可以採用兩種技術。
一種是輸尿管軟鏡雷射碎石術。這種技術採用的輸尿管軟鏡，這是一種可以彎曲的鏡子，有點像胃鏡，他們從尿道進入到達膀胱，再順著膀胱輸尿管開口沿輸尿管一直上行到達腎臟，在腎臟，這把鏡子可以彎曲，尋找結石，找到結石之後，在直視下用雷射將結石打碎取出，這種技術的優點就是創傷很小，病人的身上沒有刀口，那麼他的缺點就是治療費用相對較高，還有一個就是結石有一定的殘留率，同時當結石位於腎下盞這些不好的位置的時候，這個技術處理不了這個結石。
另外一種技術處理這種大小結石的，可以採用超細經皮腎鏡術，超細經皮腎鏡是在腰部打一個通道進入腎臟，這個通道的直徑不到五毫米，也就是非常小的一個洞，通過這條小的通道，建立一個皮膚跟腎臟之間的細小的手術操作通道，那麼我們的碎石設備通過這個通道進入腎臟，直視下把結石擊碎，並且通過這個細的通道把結石吸出來，那麼這種技術，它的創傷小，手術後恢復快，結石清除率高，但是它的缺點就是它比起輸尿管軟鏡創傷還是會更大一些，畢竟在腰上做了一個通道，對腎臟是有一定損傷。
那麼大於2.5公分的結石，我們現在首選推薦的技術還是微創經皮腎鏡技術。也就是在腰部經過皮膚打一個通道到達腎臟與超細經皮腎鏡相似，只不過這個通道比超細經皮腎鏡的通道更大一些。因為結石過大之後，這個大一點的通道取石的效率會比較高，那麼對一些非常複雜的巨大的鹿角形腎結石，有可能要在腰部做多個通道，或者需要多次手術，才能把結石取乾淨。
這裡只是對不同大小的腎結石的手術方法，做一個簡單的介紹，那麼腎結石的手術治療之後，真正難的還是在結石的預防復發上面，因為結石的復發率非常高。常見的腎結石術後五年的復發率高達60%，因此通過手術取出腎結石後，一定要做結石成分分析，根據結石的成分有針對性的個體化的預防結石。現在也有一些藥物可以對一些類型的結石進行有效的預防，這也是腎結石治療的一個重要組成部分。