胚胎萎縮是指胚胎發育到一定階段，由於各種原因導致其死亡或停止發育，這種發生在孕初期的異常現象稱為胚胎萎縮。引起胚胎萎縮的原因很多，主要包括以下幾個方面：
一、遺傳因素：夫妻雙方中的任何一方存在染色體異常或遺傳基因缺陷，都會引起胚胎退化或孕囊中空，即使妊娠足月，胎兒出生後也會出現畸形或功能缺陷。
二、胎兒因素：胚胎發育不良會防礙胎兒組織、器官的正常發育，從而導致胚胎萎縮；胎盤是胎兒獲取營養物質的必經之路，當其發生疾病或出現發育異常時，會使胎兒因為缺乏營養物質而停止生長。
三、子宮異常：母體生殖器官疾病，如子宮畸形、子宮頸閉鎖不全、子宮肌瘤等會導致胚胎無法生長而出現胚胎萎縮；而子宮的內環境異常，如子宮內膜太薄或太厚等也會影響受精卵著床或直接導致流產。
四、免疫因素：胎兒與母體之間存在特殊的免疫學關係，當這種免疫關係發生異常時，母體會對胎兒產生免疫排斥而阻止胚胎繼續發育。
五、內分泌失調：胚胎著床及發育依賴於母體的內分泌調節，當母體內分泌失調，不能夠分泌足夠的雌、孕激素來滿足胚胎發育需要時，就會出現胚胎萎縮或流產。
六、全身性疾病：妊娠期婦女合併有糖尿病、高血壓、心臟病、病毒性肝炎等全身性疾病，或者是伴有嚴重的維他命缺乏，會導致胚胎發育異常或停止發育。
七、病毒感染：風疹病毒、巨細胞病毒等進入母體後，可通過血液循環損傷絨毛膜和微血管內皮，一旦胎盤屏障被破壞，病原體便可直接侵犯胎兒，導致胚胎萎縮、流產或畸形。
八、精液異常：精子質量直接影響胎兒健康，精子成活率低下、精液中有大量細菌生長、精子畸形率較高等，均會導致胚胎萎縮。
九、環境因素：孕婦接觸有毒化學物質、放射線等會使胚胚胎萎縮止發育或增加畸形率。
十、不良生活方式：孕婦過度疲勞、精神受刺激、吸菸、酗酒、吸食毒品等都會影響初期胚胎發育。
胚胎萎縮原因非常多，臨床上比較常見的原因就是胚胎染色體異常。胚胎的染色體異常有可能是遺傳原因導致，也有可能是偶然發生的染色體畸變導致的胚胎萎縮。如果是遺傳原因導致的染色體問題，導致胚胎萎縮，需要檢查父母雙方的染色體是否存在染色體遺傳性疾病，並尋找是否是存在治療的方法可避免再次胚胎萎縮。如果是偶發的染色體畸變導致的胚胎萎縮，則無需進行特殊治療，只是一個偶發事件。
引起胚胎萎縮的原因還有可能會存在風濕免疫系統疾病，臨床上常見的是抗磷脂綜合徵或者紅斑性狼瘡，很容易導致胚胎萎縮。評估的方法也比較簡單，進行免疫指標檢測，再結合病人的病史即可確診。