胚胎萎縮的病人大多選擇手術治療，術後一般建議恢復3-6次正常的月經周期之後，方能選擇再懷孕。因為月經是女性子宮、子宮內膜以及下丘腦-垂體-卵巢軸恢復正常的標誌，一般認為在人工流產之後，來過3次的正常月經，子宮內膜整體的狀況即可恢復，此時再懷孕通常沒有問題。但是胚胎萎縮畢竟前1次妊娠時間比較長，尤其胚胎組織停止發育之後壞死、機化，都會導致手術風險增加，手術對子宮內膜的損傷相對於普通的人工流產也會增加。
所以建議病人給子宮內膜更充分的恢復時間，穩妥起見建議病人在內膜充分恢復，來過3-6次正常的月經之後再試孕。但是部分病人因為年齡比較大，後續再生育願望比較迫切，比較著急再次受孕，此時要根據月經情況進行分析。如果病人月經周期恢復較好，經量和以前也沒有大的差別，3個月之後也可以試孕，但是再早試孕不建議病人進行，因為其子宮內膜尚未修復好，再次懷孕胚胎發生異常的概率增加，反而會增加風險。
偶爾發生一次胚胎萎縮，不用過於擔心。因為導致胚胎萎縮的原因比較複雜，可能是母體因素也可能是父親因素，不排除是受精卵本身發育不佳，或者是近期有病毒感染環境因素等都可能引起。反覆發生胚胎萎縮兩次及以上的病人，需要及時到醫院完善相關的檢查，以明確病因。可通過生殖及風濕免疫和內分泌方面的檢查，如抗心磷脂抗體、抗核抗體、染色體、甲狀腺功能、血小板聚集率等情況。考慮到實驗室誤差，免疫相關篩檢至少三次，每次間隔4~6週，甚至間隔12週才能夠確診。
再次備孕的時候，如果超重或者是肥胖，建議先減重，平時夫妻雙方要多溝通交流，夫妻之間多關心避免不良情緒的存在。男女雙方在備孕前要戒菸戒酒，適當的鍛煉身體。不喝大量的咖啡、飲料等。室內環境也要衛生，避免接觸過多的放射線。女性有陰道炎的，最好先治療後再備孕。
臨床中若出現胚胎萎縮的現象，需要及時就醫，通過各項檢查，以明確具體導致胚胎萎縮的原因，並給予針對性的治療，才能有效的預防再次發生的可能。
如果是胚胎萎縮要看胚胎萎縮的原因以及機體的狀態。有些人發生胚胎萎縮與月經異常，也就是卵子異常有關，有些人與子宮的情況有關，有些人與機體免疫狀態有關，有些人則與精子異常有關。
如果是以上異常因素導致胚胎萎縮，要進行積極治療，如治療月經失調、精子異常以及改善子宮環境等，這些因素如果不去除可能還會出現胚胎萎縮。所以出現胚胎萎縮以後想要孩子，最好對上次胚胎萎縮做總結，可以進行夫婦雙方染色體檢查以及相應的精液和排卵、子宮卵巢等檢查，除外異常後超過半年再要孩子，如果發現異常需要及時處理，如果檢查沒有發現任何問題也需要半年以後再要孩子。
通過大量樣本研究表明，無論是任何原因終止妊娠以後，在第1-3個月懷孕流產率明顯偏高，但是當生育間隔超過3個月以後，流產率趨向穩定，從醫學角度講，一次不正常懷孕並終止妊娠後，需要有3個月經周期的間隔，也就是有3次正常月經來潮以後，才可以進行下一次懷孕準備。
部分病人認為需要休養1年以上，如果是年輕的孕婦，完全沒有問題，但是如果是年齡超過30歲，甚至超過35歲的孕婦，因其卵巢也在老化，所以不建議做長時間等待，可以根據自身年齡決定具體等待時間，希望每一位女性都能夠在30歲以前解決生育問題。