孕囊變小很可能是胚胎已經停止發育了，因為受精卵在宮腔內著床之後，通過生長發育慢慢形成孕囊，孕囊會逐漸在雌激素、孕激素、營養物質的作用下，逐漸變大。如果在檢查過程中，發現孕囊已經變小了，很可能胚胎已經停止發育，建議結合血HCG和孕酮檢查的結果，綜合性地分析。
一旦孕囊變小、胚胚胎萎縮止發育，應儘快終止妊娠，因為如果孕囊變小，停止發育的情況下，不終止妊娠很可能會導致孕婦出現凝血功能障礙，危及孕婦的生命安全。因此建議儘快給予終止妊娠，比如可以做清宮手術。
在清宮手術之前也要做好相應的檢查，像血液常規、凝血時間、心電圖檢查等，必要的情況下還需要收住院給予終止妊娠，因此建議在停經以後，可以儘快地到醫院做檢查，了解孕囊的大小。
一旦出現陰道流血或者下腹部疼痛，或者出現噁心、嘔吐的症狀消失的情況下，儘快到醫院檢查，了解孕囊的大小，一旦孕囊已經變小，建議結合血HCG和孕酮的情況，及時考慮終止妊娠。
胚胚胎萎縮止發育常通過超音波檢查子宮中胚胎發育情況進行判斷。
做超音波時根據停經日期、孕周天數判斷胚胎生長發育情況，如孕囊大小、胚芽大小、有無原始心管搏動。孕7週時能看到胎心搏動，如果孕婦空孕囊，可繼續觀察，如果孕8-9周時仍是空孕囊，可以診斷胚胚胎萎縮止發育。
通過檢測HCG、雌激素、孕酮觀察胚胎的發育情況，大多育齡婦女孕期HCG增長，有一定的翻倍規律，可以過監測HCG水平觀察胚胎發育。孕酮低時及時補充孕酮，例如育齡女性孕7週時，HCG已經增長到40000mIU/ml多，1周後再查血HCG，一下跌到20000-30000mIU/ml，同時超音波無原始心管搏動，即診斷胚胚胎萎縮止發育。
胚胚胎萎縮止發育後應該選擇終止妊娠，不能盲目繼續觀察。終止妊娠後需對胚胎進行遺傳學檢查，下次妊娠時，根據胚胎染色體是否異常決定是否保胎以及保胎方案。如果染色體正常，再次妊娠時一定要全面檢查、治療。
如果染色體異常，屬優勝劣汰，胚胚胎萎縮止發育是自然選擇的過程。但病人HCG翻倍會有個體差異，所以部分月經規律的女性停經40天時HCG上萬，也有保胎孕婦HCG只達到3000-4000mIU/ml，甚至900mIU/ml。後期觀察中發現超音波提示胎兒在慢慢生長，此時可以認為胚胎著床晚，甚至胚胎在子宮中遊動時間相對較長，所以觀察時間稍微長些，尤其懷孕困難，採用試管移植的女性，觀察時間有限，不能盲目長期等待，因為長期等待會引起胚胎在子宮內膜中機化，造成後期胚胎萎縮，診斷明確以後發生流產時清宮不乾淨或者流產不完全，對女性造成更大的傷害。