胚胎萎縮有很多原因，如果是首次懷孕，出現胚胎萎縮現象，而且做清宮手術，術後月經量很正常的話，是不影響以後懷孕的，只要半年後再懷孕就可以。因為基因或者染色體異常，甚至胚胎本身出現問題，而導致的胚胎萎縮，有可能會出現再次胚胎萎縮或者是影響下次懷孕，建議夫妻雙方到優生優育做系統孕前檢查再去懷孕。
如果是因為女性多次刮宮或者是人流而導致了宮腔沾黏引起的胚胎萎縮，如果不提前處理，可能會影響下次懷孕，要進行子宮鏡檢查，若確診宮腔沾黏，需要做宮腔沾黏分離手術，恢復原來宮腔形態再進行懷孕。如果是老公精子質量不好或者畸形率太高引起的胚胎萎縮，要先將男性精液調理好再去懷孕，否則也可能會影響下次懷孕。
胚胎萎縮過一次下次懷孕不一定還會胚胎萎縮。
如果之前的胚胎萎縮是由於胚胎本身的問題導致的，那麼由於下一胎不一定出現類似的問題，所以不一定還會胚胎萎縮。如果之前的胚胎萎縮是由於母親本身的原因或父母雙方的一些免疫性問題而引起的，那麼下一胎可能出現同樣的問題，還可能發生胚胎萎縮。
對於有兩次胚胎萎縮史的女性，一般建議前往生殖遺傳中心通過一些詳細的檢查確定胚胎萎縮的原因，包括子宮內膜有無異常、女性是否有甲狀腺功能低下等慢性併發症、子宮有無畸形以及父母之間的有無免疫不合的問題等，必要時進行相應的處理。