大拇指指甲凹凸不平既可能是真菌感染引起的甲癬，也可能是因為由皮膚炎、濕疹導致的指甲的變化，也可能是銀屑病，就是老百姓俗稱的牛皮癬所導致的。
當然也可能是因為營養的缺乏，比如減肥或者偏食，引起了營養的缺乏或者不均衡所導致的，所以原因是各種各樣的。
大部分臨床可以明確診斷，或者有一個診斷的傾向性，然後再做輔助的檢查是能夠幫你明確診斷的，比如灰指甲也叫甲癬，它是真菌感染引起的，可以查真菌。
如果是能查到真菌，說明是甲癬，也就是灰指甲。如果沒有真菌，可能是其他的原因，再根據周圍的皮膚的變化或者個人史、生活史的仔細的詢問，能夠幫助明確病因的。
出現大拇指指甲凹凸不平的現象時，可能是由於病人營養不良或者是體內有寄生蟲所導致的。如果病人胃腸功能不好，或者體內有寄生蟲時，對食物里的營養吸收狀況比較差，這就會導致體內缺乏微量營養素和維他命，進而出現指甲凹凸不平的現象。對於這樣的病人，建議平日慢慢調養胃腸功能，並且加強運動，加強對食物營養成分的吸收。
另外，如果病人的大拇指長期受到外力刺激，一段時間後也可能會因為指甲長期受損而出現凹凸不平的現象。所以，病人出現這樣的情況時，必要的時候應及時去醫院檢查下。
大拇指指甲凹凸不平有很多原因，如局部的外傷，可以一過性的損傷甲床，從而形成指甲的不平。
另外如是缺乏微量營養素，缺乏必要的營養物質尤其是蛋白質，嚴重消耗性的疾病，如嚴重的肝病、糖尿病等，也可以導致指甲凹凸不平。或者是疾病，比如銀屑病病人會出現指甲的凹陷性的特徵的小坑，指甲感染真菌後，根據真菌侵犯指甲的部位，也可以形成這種指甲的改變。
一些不明顯的指甲凹凸不平，也見於特殊行業，接觸一些特殊的化學物質等。當然，指甲凹凸不平有的也發生於正常人，不必過於擔心。
大拇指指甲代表微循環及四肢營養狀況的水平，當有灰指甲或者真菌感染時，會破壞指甲正常的營養，出現指甲凹凸不平、乾枯、發黃、脫屑，做真菌檢查或皮膚鏡，能發現菌絲的存在。
也可能是營養不良的問題，如果比較偏食，不吃肉類食物，而肉類食物含有較多的維他命B類，對指甲營養有一定幫助，或者不吃蛋白質，蛋白質對指甲營養也能提供幫助，就容易出現指甲營養不良，有些則對水果或者蔬菜等纖維素類的食物食用過少，也會缺乏某種微量營養素，從而導致指甲營養不良。
臨床還看到一種占位性病變會引起大拇指凹凸不平，即關節黏液性囊腫，主要位於大拇指指甲關節，指甲關節突出一個發亮腫物，稱為囊腫，裡面含有黏液性物質，會壓迫甲根，使得甲根生長受限，同時甲床營養不良，出現指甲凹凸不平的情況。