降低肌酸磷化酶應首先明確病因，然後根據病因進行對應的治療，引起肌酸磷化酶過高的原因包括生理性因素與病理性因素。
生理性因素最常見的就是運動後出現的肌酸磷化酶升高，運動越劇烈、時間越長，肌酸磷化酶升高的越為明顯。但這種情況往往不需要特殊處理，經過休息1週左右基本能恢復正常。
病理性因素例如，急性心肌梗塞和急性病毒性心肌炎都可以導致肌酸磷化酶升高，此時需要積極治療原發性疾病，才能降低肌酸磷化酶。當原發疾病治好後，肌酸磷化酶自然會降低。
引起肌酸磷化酶高的原因有很多種，不能盲目的進行降低肌酸磷化酶。需要找到病因，針對病因治療，才可以使肌酸磷化酶能夠有明顯的下降。
肌酸磷化酶為肌肉釋放的一種酶類，肌酸磷化酶的明顯升高說明肌肉的破壞。肌酸磷化酶的升高首先要除外心肌壞死的可能性，比如心肌梗塞、心肌炎，可以出現肌酸磷化酶的明顯升高，伴有的症狀為胸口的疼痛，可以有胸悶、憋氣以及心慌等臨床症狀。
肌酸磷化酶在肌肉中的含量非常大，如果出現骨骼肌等其他肌肉的損傷，肌酸磷化酶會發生明顯的升高，比如過度的健身、勞累、爬山等情況下出現肌酸磷化酶的升高往往伴有四肢肌肉酸痛的症狀，這是肌酸磷化酶過高常見的症狀。
肌酸磷化酶是主要存在於細胞質和線粒體當中，是與細胞內能量轉運、肌肉收縮有密切關係的重要肌酶，肌酸磷化酶的活性測定可用於骨骼肌疾病以及心肌疾病的診斷。
肌酸磷化酶過高既有生理性因素，也有病理性因素。生理性因素包括劇烈的運動、分娩、外科手術術後，以及肌肉注射某些藥物，如麻醉藥、止痛藥、抗生素等等。如果停用該藥物，就可使肌酸磷化酶降低，手術後安靜休養，就可使肌酸磷化酶由升高變為降低的趨勢。劇烈運動的人充分休息，也可以使激酶出現下降趨勢。
而病理性因素包括急性心肌梗塞、病毒性心肌炎、肌營養不良及心包炎等等，如果是急性心肌梗塞，就要給予抗血小板治療，必要時進行急診的冠狀動脈造影及支架植入術，開通血管使心肌梗塞的面積減小。如果是病毒性心肌炎，就要給予營養心肌的藥物，必要時應用抗病毒藥物。如果是肌營養不良，就要充分補充營養。如果是心包炎導致的肌酸磷化酶過高，就要抗炎治療。
肌酸磷化酶通常存在於心臟、肌肉以及腦等組織細胞當中，在臨床上進行生化檢查的時候，經常會看到一部分的病人肌酸磷化酶偏高，可見於以下幾種原因：
第一種是不明原因的升高，始終是低水平的肌酸磷化酶升高，病人沒有任何肌肉的症狀；第二種是病人在檢查前一天或前幾天曾經運動過，比如跑步或者做了拉伸動作、按摩，可能指標的升高跟這些有關係；第三種是藥物引起的肌酸磷化酶升高，現在很多病人在長期服用他汀類的藥物，如 Atorvastatin 、 Rosuvastatin ，有一部分的病人會出現肌酸磷化酶的升高。
在臨床上針對肌酸磷化酶升高的治療，先要明確肌酸磷化酶的同工酶，最希望了解到的就是CK-MB，即心肌細胞特有的酶譜是否正常，如果正常，同時肌鈣蛋白T和肌鈣蛋白I也都正常，基本上可以除外心肌損傷的可能，肌酸磷化酶的升高大多是來源於肌肉，如果是病人之前有過了運動、按摩這種肌肉損傷的情況，如果只是偏高可以不預處理，過兩天指標可能就會正常。如果考慮是他汀藥物引發，先應該停藥或者是減量，之後兩個月再複查一下生化，看肌酸磷化酶是否回到正常。