益生菌，主要指腸道益生菌，是腸道中原有的有益菌的總稱。從體外添加對人體有益的外來菌，直接增加腸道內一種或數種益生菌的數量，從而調節腸道菌群平衡，發揮機體調節，集體防禦，預防疾病等。常見的益生菌類藥物，如地衣芽孢桿菌活菌膠囊、雙歧桿菌三聯活菌散、酪酸梭菌二聯活菌散、枯草桿菌二聯活菌顆粒等。
此外益生菌是不能與抗生素同服的，抗菌素尤其是廣效性抗菌素，它不能識別有害菌和有益菌，所以它殺滅有害菌的時候往往把有益菌也殺死了。這時候或者過後補點益生菌，都會對維持腸道菌群的平衡起到不錯的作用。如果必須服用抗生素，服用益生菌與抗生素間隔的時間不應短於2-3小時。
對益生菌成分過敏者，服用完以後有可能會出現，如皮膚起丘疹、腹瀉次數增加、胃部不適等情況，是不適合吃的，一般停藥後可自行恢復，對有胃腸疾病的病人也是不適合吃的，可能會加重病情。
理論上所有人都可以服用益生菌，並沒有特別的禁忌證，但並非所有人都需要補充益生菌，最好不要作為保健品使用。益生菌種類繁多，哪種更合適病人，需要醫生根據疾病情況進行判斷。
人體的益生菌中占比最大主要是雙歧桿菌和乳桿菌，細分也有很多種，如果出現腹瀉、便秘等症狀時服用益生菌有較好的效果，或者由於其它疾病使用抗生素，尤其是超廣效性抗生素後，可能發生腸道菌群失調，此時也可以補充益生菌。益生菌的服用種類以及用法需諮詢醫生後，給予適當建議，整體而言益生菌安全性較好，但是不應該濫用。
益生菌並沒有特別明確的禁忌人群，因為益生菌是較安全的藥物，在一些健康食品中也會添加益生菌。無論是益生菌製劑，還是添加益生菌的營養粉、蛋白粉、優酪乳，益生菌相對比較安全，即使作為藥物，副作用也較少。理論上過於危重的病人還是應該儘量避免使用益生菌，因為可能存在益生菌通過受損的黏膜屏障入血的問題。但是這些益生菌會不會引起細菌感染所導致的敗血症類問題，目前也不明確，所以整體上益生菌比較安全。
雖然益生菌能夠起到一定的調整腸道菌群、健康保健的作用，對於一些急性的腹瀉也確實有一定的這種治療的作用，但是也不能濫用。平時可以在喝優酪乳或者吃蛋白粉、營養粉的時候添加益生菌，作為一種添加劑相對而言比較安全。如果存在腸道功能失調、腹瀉等症狀，也可以用益生菌藥物進行治療。