益生菌與抗生素使用的間隔時間，通常為2-3小時，但並非所有益生菌均需要與抗生素間隔2-3個小時服用，如枯草桿菌可以與抗生素同時服用，而雙歧桿菌、三聯活菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌等，則需要與抗生素間隔2-3小時應用。如果服用間隔時間過短，抗生素便可能對益生菌的療效產生影響，導致使用效果不理想。
長期服用抗生素可以導致腸道菌群失調，此時進行益生菌補充較為有益。益生菌可以降低偽膜性腸炎的發生率，建議病人使用抗生素1週以上時，應適當補充益生菌。益生菌在多個領域均可以起到較好作用，如脂肪肝病人加用益生菌，可能對脂肪肝逆轉有幫助，但抗生素、益生菌，均應在醫生指導下合理應用。
益生菌和抗生素一般建議間隔2-3個小時，以免影響藥效。
抗生素具有殺菌作用，和益生菌一同使用，可能會對益生菌有抑制或殺滅的作用，所以兩個藥應儘量避免合用。若是由於病情需要，病人必須同時應用抗生素和益生菌，需要注意二者的間隔時間，避免抗生素影響益生菌的吸收。臨床上一起使用的情況可分為以下兩種，一是短期使用抗生素，一般是7-14天，很少會引起腸道菌群失調，所以可以在抗生素療程結束以後再進行益生菌的補充。另一種是需要長期抗感染治療，臨床上超過一般療程時，需要同時口服益生菌，建議在應用抗生素後2-3小時再給予益生菌口服。
益生菌不建議長期連續服用，以免形成依賴性、抗藥性，加重腹瀉、便秘等症狀。
益生菌的正確吃法，一般建議飯後服用。服用益生菌的時候要避免與抗生素一起服用，因為抗生素能夠直接將益生菌殺死，而發揮不了益生菌正常的作用。飯後服用益生菌，可以減少益生菌被胃酸的破壞，從而讓益生菌最大限度發揮它的作用。
益生菌是指對人體有益的細菌或者是真菌，主要包括有酵母菌、乳酸桿菌、雙歧桿菌以及芽孢菌等等。這些細菌首先可以促進營養物質的消化、吸收，還可以合成消化酶，它們與人體的消化酶一起參與腸道營養物質的消化和吸收。其次能夠刺激人體分泌消化酶，促進營養物質的吸取。然後益生菌還有助於提高機體的免疫力，來維持腸道內的菌群平衡。
抗生素與益生菌不能聯合使用，這是由於抗生素除了能夠殺滅細菌以外，也能夠殺滅益生菌，若兩者聯合使用就達不到益生菌的治療目的與效果。因此，若是服用了抗生素以後，血藥濃度代謝完全，再使用益生菌才能使益生菌起效。
通過觀察，人體通過6-7個半衰期的代謝，可以將抗生素的血藥濃度代謝完畢，因此對於1天使用2次的抗生素，經過3天時間的代謝，基本上可以代謝完全，對於1天使用1次的抗生素，通過6-7天的時間可以代謝完全。所以在使用抗生素以後3-6天再使用益生菌比較安全，這樣既可以使抗生素的濃度降為0以後，再使用益生菌達到其藥物治療的目的。