抗生素作用就是抑制和殺滅細菌，抗生素有很多類型，如果我們身體有感染情況下，它起治療作用。但任何藥品都要副作用，長期使用或使用不當，都可以出現副作用。
在我們身體中有很多細菌，大多數細菌對身體沒有危害，這些細菌代謝產物或細菌本身可以互相作用，保持一種動態平衡。當較長時間使用抗生素或大劑量使用抗生素，就可以引起一些細菌抑制，一些細菌過度繁殖，就可以引起菌群失調、抗生素相關性腹瀉、二重感染等等。
抗生素在抑制或殺滅細菌時，細菌本身自己也在調整，來適應這些抗生素，產生滅活酶，使抗生素失活。改變細菌胞漿膜通透性，細菌可通過各種途徑使抗菌藥物不易進入菌體。有的改變細菌體內靶位結構，使藥物不能與細菌結合所致等等，細菌對抗生素就有抗藥性，也就是耐藥性。
長期吃抗生素主要是指兩種情況，一種是沒有適應證的長期濫用，另一種是超過療程沒有停下來，繼續長期吃，這兩種用法都會導致抗生素耐藥。因為在使用抗生素的時候，對抗生素敏感的細菌都會被很快殺滅，而細菌在繁殖的過程中會發生基因突變。如果某一個突變位點正好導致了這個細菌產生耐藥性，這個抗生素可能就無法殺滅這一組細菌，而敏感的細菌被廣泛殺滅之後，這些不敏感的細菌逐漸繁衍，然後越來越多、越來越多，最終就導致了這一種抗生素對這一株菌就產生了耐藥。
長期服用各種抗生素，導致選擇出來越來越多的對這些抗生素耐藥的菌株，一旦當這些菌株感染身體，就導致所用的這些抗生素都是無效的。因此，強調普通老百姓不懂抗生素，一定不要濫用。濫用的後果就是導致某個個體寄植的細菌對某一些抗菌藥物就產生了耐藥，一旦發生真正感染的時候就措手不及。
抗生素是治療細菌感染的藥物，如果長時間使用或者同時使用多種抗生素，也有一些危害。
長期應用抗菌藥物可以導致腸道菌群失調，引發二重感染，包括細菌和真菌的感染。長期應用或者過度應用，沒有適應症的應用抗菌藥物，可以引發細菌的耐藥。
抗菌藥物都有不同程度的不良反應，比如常見的氨基糖苷類的藥物，損傷腎臟，其中鏈黴素、慶大黴素可以損傷聽力，大環內酯類的藥物出現肝損傷的機率比較高，四環素類的藥物兒童服用可以引起四環素牙，萬古黴素可以損傷到腎臟，利奈唑胺有明顯的血小板下降的副作用，喹諾酮類以及碳青黴烯類經常出現神經系統的毒性，很多種抗菌藥物都有不同程度的副作用。
抗生素可以引發過敏，輕者可以表現為過敏性蕁麻疹，重者可以出現過敏性休克，應用萬古黴素還可以出現紅人症候群，所以抗菌藥物有利的一面，也有弊的一面，應該有適應症的應用抗菌藥物，不主張過度的、非適應症的應用抗菌藥物。