益生菌存在於人的體內，從胃到大腸等消化道內都存在著一些菌，特別是小腸廣泛存在著很多菌。目前也研究認為，小腸存在的細菌可能有達到400種以上，這些細菌實際上處於一種體內的內平衡狀態，有益生菌、致病菌共存共生，互相在體內可以達到一個平衡狀態。
腹瀉的病人經常使用一些益生菌，是由於益生菌在體內存在的不平衡，各種原因被打破，譬如體質極弱或者抗免疫治療、使用大量抗菌素，內平衡被打亂，需要外源性補充大量的益生菌。
益生菌實際上廣泛存在，主要是像非致病性的大腸桿菌、乳酸桿菌。現在市面商品的藥物有很多益生菌存在，有的是複方的，有的是死菌，有的是活菌，死菌就包括細菌的菌體和代謝產物。
如果是活菌進到體內，部分可以在小腸繁殖、定殖、定菌，在體內就和致病菌達成一個新的平衡，所以益生菌現在在消化性疾病裡面用的還是不少。
益生菌有很多益處，可以補充腸道內的有效的菌群，隨著年齡的增長，體內的益生菌含量是逐步下降的，因此年紀大的人可能比年輕人腸道內的益生菌種類和數量都減少。補充腸道益生菌對腸道疾病有比較好的作用，可以雙向調節排便習慣，比如可以改善便秘或者腹瀉，同時增加腸道的屏障功能，對於一些胃腸道炎症也是具有調理的作用。
此外益生菌還可以改善腹部脹氣、口臭、排氣過多、排便次數不正常等等。除了改善胃腸道的疾病，還有腸道外的功能也具有作用，研究發現補充益生菌可以抗衰老、改善精神上的疾病，如憂鬱症、自閉症等等。
總而言之研究發現補充適當的益生菌對身體多個器官功能都具有積極的好處，建議益生菌應該在飯後服用，有助於益生菌的吸收和充分發揮功效。