首先腸道菌群對於人體健康有很重要的作用，有利於促進合成人體各種所需的維他命類物質，而且還有助於分解消化食物，而腸道是人體營養物質吸收最主要的場所，而益生菌只是腸道菌群中的一種，所以益生菌的失調也會導致腸道出現一些不適應的症狀。
正常的人體腸道菌群中有10多億個細菌，而一些病變及不良的飲食習慣會容易導致正常的腸道菌群受破壞，出現炎症細菌感染，而人體腸道中的菌群有三大類之分，有有害菌、有益菌及中性菌，而益生菌則屬於有益菌，主要有雙歧桿菌、乳酸桿菌等，而這些細菌是人體不可缺少的。
益生菌的主要作用是可以幫助人體中進食的一些有營養的物質在腸道內合成各種維他命，而且對於食物有消化的作用，還能夠促進腸道蠕動，抑制一些有害菌的生長，可以分解一些又害物質，所以人體正常健康狀態下，細菌結構是穩定的，人體越健康其體內腸道益生菌比例越多。
腸道益生菌與人體的健康是息息相關的，而且能夠吸收腸道水分，軟化糞便，如果菌群失調會容易導致出現腹脹、不消化、食欲不振、腹瀉、便秘等症狀，而且也會容易引發腸炎、大腸癌等疾病。