肝昏迷的原因，目前醫學上並沒有完全清楚，但是主要認為與血氨的升高有關。所謂的血氨，是人類各個組織、器官，在代謝胺基酸的過程中會產生氨類物質，或者腸道在吸收、攝入蛋白質的過程中，通過分解、代謝，也會產生氨類物質。
氨類物質實際上對身體有害，在正常情況下，氨類物質通過血液的回收，到肝臟以後，通過處理變成尿素，然後會排出到體外。但肝硬化的病人肝臟功能受到嚴重的損傷，身體內產生以及吸收所形成的氨，不能被肝臟及時地處理，就會直接存在於血液當中，然後透過血-腦屏障進入到大腦內。
血氨對腦內的正常的神經遞質有損傷作用，因此就會出現病人神智的異常，甚至昏迷。這樣的病人，一方面是需要嚴格地控制蛋白攝入的總量，控制以後產生的氨量才會下降。另一方面，也要使用相關的藥物，比如支鏈胺基酸，去對抗血氨對中樞神經產生的影響。
還有一種情況就是部分肝硬化的病人，可能因為某種原因，比如上消化道大出血，為了止血，做分流術或者是做TIPS，腸道裡面吸收的氨沒有經過肝臟，而是直接進心臟，進入了體循環，這也是導致肝昏迷的常見的與治療相關的主要原因。
肝昏迷一旦發生，通常預示著病人肝功能已經非常差，可能需要考慮肝移植等相關的手段。
肝硬化非代償性的病人，如果到檢測血氨就高於正常值，說明有肝昏迷風險。其原因是肝硬化非代償性肝臟代謝能力下降，肝臟將氨轉化為尿素的效率會降低，如果攝入過多高蛋白的食物，超過肝臟的代謝能力，大量的氨存在體內、很容易引起血氨升高，誘發肝昏迷，造成神經系統的失調、嚴重的會導致肝昏迷，甚至危及生命。
肝硬化非代償性病人的飲食是很嚴格的，如果血氨平時偏高的病人，要嚴格控制高蛋白食物的攝入，像肉類、牛奶、蛋類等等一定要控制好量。有門靜脈高壓和食道胃底靜脈曲張的病人，不要吃硬質的食物，容易劃傷血管，導致大出血。有肝腹水的病人一定要少攝入鹽分，不然出現水鈉瀦留會加重腹水。肝硬化末期有很多飲食上的禁忌，病人和家屬要是對吃什麼拿捏不準，可以諮詢一下專業的肝病醫生，判斷一下。
肝昏迷的誘發原因可能包括以下幾種。
如果肝硬化的病人出現了過多的蛋白，尤其是動物蛋白，蛋白的代謝產物一般是氨，所以血氨就會升高，這種情況下就會誘發肝昏迷。如果病人處於便秘狀態，此時對於腸道回吸收的血氨就會增加，這種情況也會增加血氨的水平，也會誘發肝昏迷。如果病人出現感染，肝損傷加重，肝臟的解毒功能就會進一步下降，也會誘發此病的發生。
如果大量放腹水出現低血鉀症，低鉀的情況下由於血液當中的血鉀水平減低，細胞當中的血鉀就會釋放到血液當中，同時會有鈉離子和氫離子進入到細胞內，這種情況下血液就會呈現為鹼性。在鹼性的狀態下，腎臟原尿當中出現鹼性的尿液，這種情況就不利於血氨的排出，氨就會重吸收增加。因為氨的排出需要和氫離子結合之後，通過尿液排出，如果是鹼性的環境下，氫離子減少，這種情況下就會出現氨重吸收增多，引起血氨增加，也會誘發肝昏迷。
