牙齒色素沉澱指的是外來的色素沉積在牙齒表面上的現象。雖然用肉眼看牙齒的表面非常光滑，但在顯微鏡下，可以看到牙齒的表面有很多較深的小窩。當吃有顏色的食物，或者喝中成藥時，色素分子就會沉積在牙齒的小窩中。如果沒有有效的刷牙，色素就會導致牙齒表面著色。
可以通過以下幾方面處理牙齒色素沉澱：如果吃了有顏色的食物或者藥物，非常關鍵的就是通過有效的刷牙來清潔牙齒，從而防止色素沉澱在牙齒上。如果在吃完有顏色的食物或藥物後，沒有及時清潔牙齒，或者沒有徹底清潔牙齒，色素可能已經頑固的附著在牙齒表面，不能通過刷牙去除。此時病人應該到專業的醫療機構就診，醫生會通過拋光、噴砂等特殊的臨床技術，去除牙齒表面的色素分子。此外，在治療後，病人應該加強口腔衛生的清潔，從而避免色素的進一步沉著。
色素牙齒去除色素的方法，應根據產生色素的原因不同而採取不同的方法去除。常見的比如平時牙齒比較白，隨著進食，有煙斑、色素、茶漬等這些色素的沉積，去除的方法比較簡單，通過洗牙、潔治和拋光就可以去除外源性的著色。
但是牙齒也有可能是內源性疾病所引起，比如常見的有氟斑牙或者是四環素牙，都表現為牙齒發黃、發灰，這兩種疾病去除的方法則不能通過簡單洗牙去除，可以通過雷射美白或者冷光美白的方式去除色素，也就是提高亮度。
但是由於氟斑牙或者是四環素牙的亮度很難提高，如果對美觀不滿意，也可以採取貼面修復的方式，需要磨除牙齒表層的釉質，然後製作貼面覆蓋掉以後牙齒會變得亮白。普通外源性著色的牙齒去除方法，通過洗牙就可以。
牙齒色素沉澱，可以通過聲波潔牙、牙齒拋光、冷光美白等方式改善症狀。
聲波潔牙在臨床上稱為洗牙，又為齦上潔治術。可針對牙齦上有牙結石，牙菌斑、色素沉澱等，主要是利用高頻或者高振動方式，再通過超音波將牙結石以及牙菌斑還有一些殘留物質擊碎，之後再將牙齒清洗乾淨，以達到潔牙目的。
牙齒拋光一般在潔牙之後進行，主要是通過打磨的方式，將牙齒表面的一些殘留結石或者是色素清理乾淨，同時也可以使牙齒恢復光滑。
冷光美白屬於一種醫學美白方式，可以將牙齒上面的色素沉澱清理乾淨，也可以讓牙齒恢復白皙，主要是採用氧化氫成分的美白劑達到治療目的。
牙齒上有色素沉澱在選擇以上幾種方式處理時，需改掉一些不良習慣，比如抽菸、嚼檳榔等，這些因素可能會導致牙齒變黑，易影響治療效果。