腸炎病人發燒後，首先應在醫生的指導下服用抗感染藥物，然後根據體溫升高的情況進行退燒治療，同時注意調整生活方式，以儘快緩解症狀。
病人出現發燒，可能是因為細菌、病毒、真菌等病原體感染腸管導致炎症而引起的。因此，病人應在醫生的指導下，通過血液常規、糞便常規、糞便培養等檢查確定病原體，並根據藥敏試驗結果，選擇抗感染藥物治療，例如細菌感染引起者，可使用慶大黴素、諾氟沙星等藥物治療。
病人的體溫如果升高比較明顯，則可能需要通過將冰袋用干毛巾包裹後置於頭部、腋窩及腹股溝部等部位，或用溫水、酒精擦拭身體等措施進行物理降溫，必要時，還可以口服阿斯匹靈等藥物，進行降溫。
病人應注意臥床休息，以免加重症狀；補充水分，以免出現脫水；吃一些清淡、易消化的食物，例如米湯、白粥等，避免吃一些生冷、刺激、油膩的食物，例如苦瓜、西瓜、油炸食品、奶油、辣椒等，以免給消化道造成負擔，加重炎症。
腸炎引起的發燒，一般來說不是很嚴重，可以自愈，也可採用一般治療和藥物治療來緩解。
發燒可能會丟失部分的體液，因此需要多補水，一般補充葡萄糖溶液或生理鹽水。另外還需保證充分休息，儘量避免食用刺激性食物，以易於消化的流食或半流食為主，可適量運動，保持積極樂觀的心理狀態。
治療腸炎引起的發燒藥物通常為抗生素，例如氧氟沙星、 Ciprofloxacin 等，18歲以下青少年可選擇頭孢類抗生素，急性期病人可選擇靜脈滴注治療。另外對於脫水嚴重的病人，如果無法通過一般治療來緩解，也可適量使用藥物治療，可根據病情嚴重程度選擇口服或靜脈注射補液鹽來緩解症狀，補液鹽的成分主要有氯化鉀、氯化鈉、碳酸氫鈉等。
需注意的是，藥物的使用需在醫生的指導下進行，切勿擅自購藥治療，尤其是用於靜脈滴注的試劑，避免引起休克等嚴重後果。
腸炎引起的發燒考慮是併發了腸道感染，首先應該應用退熱藥物，主要是選擇賴氨匹林肌肉注射。叮囑病人進行周身擦浴，可以選擇腋窩、手心、腳心、膝盖窝等部位，應用酒精或者溫水擦浴，能夠起到物理降溫的作用。
同時，也應該靜脈應用抗感染的藥物，對於成年人可以選擇喹諾酮類的抗菌素，最常應用的就是鹽酸左氧氟沙星注射液，每天輸入兩次。兒童可以選擇頭孢菌素靜脈輸入，也要靜脈補充液體，每天人體需要的葡萄糖、胺基酸、微量營養素、維他命等。要監測內環境指標的變化，因為離子失調也會導致發熱的出現。腸炎病人如果病情平穩，可以允許病人進食全流質飲食，多飲水，也能夠起到退熱的作用。