引起手指關節疼痛的原因很多，比如腱鞘炎，由於手經常活動，頻繁的活動或者在一個位置僵持時間比較長，導致肌腱在腱鞘里水腫、發炎，並引起卡壓，稱之為腱鞘炎。
有一些滑膜炎是由於年齡退變引起來的退變性滑膜炎，隨著年齡增大而表現在滑膜炎症，或者關節症狀的加重。另外一種是特異性滑膜炎，比如類風濕性關節炎、痛風性關節炎，是由於免疫性疾病或代謝性疾病引起的關節滑膜增生和增厚。這種特異性關節炎會因為免疫或代謝問題症狀的變化，而出現變化。
手指關節疼痛除了以上原因之外，還有外傷因素導致的，比如創傷性關節炎或者外傷導致的感染，而引起紅、腫、熱、痛。還有一部分手指關節疼痛與占位性病變有關，比如腱鞘囊腫或者關節囊腫、皮膚軟組織的良性腫瘤。
所以引起手指關節疼痛的原因非常多，需要根據症狀做相關的檢查，才能夠分析原因，找出原因，並來針對性地治療引起的症狀。
引起手指關節疼痛的原因有很多，根據不同的年齡，以及是否有伴隨症狀和手指關節疼痛的數量，原因也會有所不同。
腱鞘炎：最為常見的引起單個手指關節，尤其是拇指關節疼痛的原因為腱鞘炎。通常情況下，病人在翹大拇指的時候會有疼痛，甚至伴隨著腕關節的疼痛。
關節炎：如果中年女性或者老年女性，出現手指多個關節的疼痛，還伴隨著早晨起床的時候手指關節的僵硬，甚至變形的情況，可能是退化性骨關節炎和類風濕性關節炎導致。如果手指關節疼痛還伴隨著僵硬，且僵硬的時間持續在30分鐘以上，甚至一上午手指都僵硬，到了下午的時候才靈活，伴隨著關節的疼痛、腫脹，此時往往提示有類風濕性關節炎。
但如果手指關節僵硬，只在早晨起床一瞬間，10-20分鐘，不超過半小時，伴隨著手指關節的疼痛，則多見於骨性關節炎，也就是手指小關節的骨性關節炎。除了根據僵硬的時間，病人還可以通過抽血化驗檢查紅血球沉降率、C反應蛋白、類風濕因子、抗CCP等指標是否有異常，如果是骨關節炎，上述指標均正常，如果是類風濕性關節炎，則上述指標就會出現異常。
頸椎病：如果有2-3個手指關節的疼痛，伴隨著頸部的疼痛和手指關節的麻木，此時還要排除是否存在頸椎病壓迫神經所引起的手指關節疼痛。
此外，痛風急性發作，也可以引起手指關節的疼痛。具體是何種原因，可能還需要由醫生來做綜合判斷。
在平時的工作和生活中，經常會碰到手指的指間關節和掌指關節疼痛，臨床上引起此類關節疼痛的原因主要包括一下兩大類。
骨關節炎，就是俗稱的退化性骨關節炎，一般多見於中老人，與手指多接觸涼水以及寒冷、潮濕的地方相關，會出現指尖關節軟骨的退變、增生，誘發指間關節的關節炎症，出現指間關節的疼痛、腫脹以及活動受限等等。出現此類情況，應儘量的避免著涼水，可以採取熱水的泡浴以及熱敷的療法，同時可以外用消腫止痛類的膏藥和藥水，緩解關節疼痛，也可口服非類固醇類抗炎鎮痛藥物，以及葡萄糖胺類的藥物，可以對骨關節炎具有較好的療效。
見於特殊的關節炎，如類風濕性關節炎以及其他自身免疫性關節炎等等，類風濕性關節炎主要侵犯手指，導致多個小關節的病變，最終形成纖維強直造成手指畸形，功能完全喪失是致殘、致畸率較高的疾病，如雙側指間關節出現疼痛同時伴有晨僵，則應儘早到風濕免疫科或者骨科進行就診，以明確診斷。如有類風濕性關節炎，則應儘早開始治療，避免出現指間關節出現纖維強直、僵硬、喪失功能的情況。