甲床萎縮的治療，先要尋找病因，對於有感染的要控制感染，有些萎縮比較穩定而形成疤痕或局部壞死的，可以做病變組織切除以後，再做修復治療。
甲床萎縮多半是由於炎症引起，其中有些人是真菌感染破壞了甲床，有部分是由於甲溝炎在周旁甲溝炎症刺激，使得甲床萎縮。所以控制甲床萎縮，首先要控制炎症，包括真菌感染和細菌感染。可以採取外用和口服藥物綜合治療的方法，來控制甲床的萎縮。對於有外傷性的或者是有些壞死的甲床導致的疤痕，這種萎縮等待穩定以後，可以做病灶切除，再進行修復。一般要修復上述這種萎縮的甲床，就要做甲床移植，即從健康部位切取甲床的甲板，做移植修復。對於一些嚴重的情況，則需要採取吻合血管的甲瓣移植，這樣才能恢復甲床的外形和甲床外觀。
值得注意的是，隨著對指甲外科的研究提高，有些指甲腫瘤也被診斷出來。對於一些腫瘤引起的，應該做腫瘤切除，在切除徹底的情況下，再做甲床修復。