如果有了口腔灼熱症候群，首先應該針對病因進行處理，需要消除局部的刺激或者停用可疑的藥物。局部的刺激主要包括牙石、殘根、殘冠、不良修復體，可以到正規醫院的口腔科進行潔治或者刮治，去除牙石，將無法保留的殘根、殘冠進行拔除。如果有不良修復體應該儘早拆除，按照正規的要求重新進行修復。
如果沒有上述的原因，要檢查是否有白色念珠菌的感染。如果有，可採用鹼性的溶液進行漱口，保持義齒的衛生。如果效果不佳，也可以進行抗真菌的治療。有的人是由於維他命缺乏或者營養不良引起的，可補充綜合維他命，另外要糾正病人的伸舌自檢的不良習慣。如果疼痛比較明顯，可以用0.5%的達克羅寧液局部塗布。如果有長期失眠、憂鬱，可以應用谷維素。
口腔灼熱症候群是慢性疼痛性疾病，發病率越來越高，目前缺少一種確切有效的能夠快速治療的辦法，因為該病的特點是以主觀表現為主，口腔灼熱症候群沒有客觀的體徵，而且致病因素也不明確，所以造成疼痛的原因也跟神經傳導通路異常有關係。沒有特別有效的治療方法，只能儘可能的對因治療，如有睡眠不好，需要調節，可以通過精神科或神經內科一塊調節，所以治療上需要各科共同配合。
如在診療時，可能還要用焦慮量表、憂鬱量表和更年期量表來測，發現相關因素再去治療。其中很重要的心理治療，是口腔灼熱症候群治療非常重要的部分，要控制憂鬱、焦慮等精神疾病，以及疼痛等身心症狀。在藥物治療方面，沒有非常準確的針對口腔灼熱症候群的藥物，一般如果有全身症狀，如有更年期就糾正更年期，如果有輕度憂鬱，可以用維他命或疏肝解郁，這種治療方法很多，建議到精神心理科去做調節。