克隆氏症的飲食，如是緩解期，沒有太多不能攝取的食物，例如魚、肉、雞蛋、牛奶等，沒有乳糖不耐症的狀況下，都可以攝取。但是對於克隆氏症的病患而言，因為小腸可能有發炎，而且受到影響面積比較大，飲食一定要煮爛、煮熟，不能做半生不熟的食物，容易增加消化道負擔，誘發腹瀉。
另外，因為高膳食纖維的食物可以促進腸道的蠕動，進一步影響腸道的吸收功能。所以克隆氏症的病患，對於高膳食纖維的食物，例如玉米、堅果，或者膳食纖維含量比較高的蔬菜，例如芹菜，需要注意避免，同時需要避免過於辛辣刺激的食物。此外在緩解期還要注意食物多樣性，例如水果、蔬菜都應該攝取，攝入豐富的維生素非常有必要。
克隆氏症活動期要適當限制一些食物，例如油脂比較厚的食物以及海產類不能攝取，原則上要低渣飲食，高膳食纖維的蔬菜在活動期不要攝取。
特別厲害的活動期要採用要素飲食，即無渣飲食，可以喝安素類的全營養蛋白粉，口感比較好。透過口服營養粉，幫助腸道攝入需要的營養，不加重腸道吸收的負擔，有助於腸道發炎的恢復。
克隆氏症並沒有經過科學證明有效的飲食，不過，大多數專家認為，一些病患如果避免攝取某些特定食物，尤其是在疾病的發作期間，學會避免這類食物能讓病患更好地管理克隆氏症，減少腸胃道症狀並促進腸道癒合。
克隆氏症發作期間要避免攝取辛辣和油膩的食物、全穀物、高膳食纖維的水果和蔬菜、堅果、咖啡因和酒精，這些都會加重您的症狀。如果因為克隆氏症而無法吸收營養，那麼，即使您不想吃東西，也要遵循高熱量、高蛋白飲食原則。此外還需補充維生素和礦物質。
可能加重症狀的食物因克隆氏症病患而異，下面條列出來的一種或多種食物可能會讓病患在發作期加重症狀。
一旦確定了導致症狀加重的食物，就可以選擇避免攝取它們。當然，對於上面提到的食物如果改變烹調方法能讓它們不引起症狀，是可以正常攝取的。
其中，對於有腸道狹窄或不完全腸阻塞的病患，需要低渣飲食，避免攝取粗糧、玉米餅、堅果、蔬菜等高膳食纖維食品，以免食物殘渣過多加重阻塞，此類病患應考慮使用腸道營養。