多數疫苗接種安全，只有輕微的不良反應，例如低燒或者局部注射部位反應。這些局部反應主要見於局部硬塊、腫、紅、痛，其實不用緊張，因為其較輕微，2-3天就會消失。較重的例如注射完以後會有高燒或者全身皮疹這種過敏反應出現，要及時前往醫院就診。其不良反應主要是由於疫苗中的抗原、微量抗生素、防腐劑、穩定劑、動物蛋白等引起。所以多休息、多喝水，一般2-3天就能改善症狀。疫苗接種是重要的，大部分傳染病是透過疫苗來阻斷其傳播和發病的。例如狂犬病，如果發病100%會死亡的，但是有了疫苗以後，此疾病就可以被阻斷。
接種疫苗以後出現發燒，如果是低燒，例如體溫是＜38℃，多喝水、多休息，確保充足的睡眠，一般都能改善。如果打完疫苗以後，體溫燒到38.5℃以上，要及時前往醫院就診，要透過醫師鑑別是注射疫苗後的反應，還是因為合併感染。
接種疫苗後部分人可出現發燒症狀，多數在1-2天內退燒，基本上不會超過3天。
接種疫苗後發燒主要是由疫苗的接種反應導致，不同種類疫苗以及不同個體的健康狀況、營養狀況不同，接種疫苗後反應也不一樣。絕大多數人發燒症狀出現在接種後24小時左右，發燒溫度一般不超過38.5℃，持續時間約1-2天，隨後可自行消退，期間可臥床休息加強觀察，多喝溫開水，適當進行物理性降溫，如溫水擦拭、冰敷等。
如果體溫大於38.5℃，可應用退燒藥，如布洛芬等。除了發燒症狀外，一些接種者還可能會出現注射局部的紅腫、疼痛、搔癢以及頭暈、頭痛、疲倦、全身不適、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等，這些症狀都比較輕微，數天至一週左右多可逐漸消退，如果發燒超過3天以上或出現高燒、蕁麻疹等嚴重症狀，應及時前往醫院就診。