牙齦翻瓣術是指採用手術的方法，切除部分袋內壁以及牙周袋，以達到消除或者是變淺牙周袋的目的。一般在手術進行前首先對病人進行局部麻醉，在無痛情況下把牙齦病變的組織切除掉，然後把牙齦和牙以及黏骨膜進行翻開，在可以直視的情況下暴露整個牙根和牙槽骨的狀態，針對牙根部的齦下牙石、肉芽組織以及部分因為病變導致的牙槽，牙槽骨不正常的形態進行修整手術。
牙周翻瓣術通常是在完成牙周基礎治療以後，就是常講的洗牙、齦下刮治和根面平整之後，對於有比較深的牙周袋，一般是指3-4毫米以上，已經超過探診深度的牙位進行翻瓣術治療。
翻瓣術是用手術方法將部分牙周袋及袋內翻，並翻起牙齦的黏骨膜瓣，在直觀下刮治淨齦下牙石和肉芽組織，必要時可修整牙槽骨，然後將牙齦復位、縫合，達到消除牙周袋，或使牙周袋變淺的目的。翻瓣術是應用最廣泛的牙周手術方法，也是很多其他手術如骨成形術、植骨術、引導性組織再生術等的基礎。
其適應症包括適經基礎治療後牙周袋仍在5毫米以上，且探診後出血者。袋底超過膜齦聯合界，不宜作牙周袋切除者。有骨下袋形成，需做骨修正或移骨者。根分叉病變伴深袋或牙周——牙髓聯合病變需暴露根分叉者。
翻瓣術是指採用不同的手術切口，將牙齦與下方的組織分離也形成牙齦組織瓣，暴露病變區和根面、牙槽骨，提供清創褥露和可視性，刮除病變組織和菌斑牙齒後，將牙齦瓣復位在合適的位置上，並縫合，達到消除牙周袋或使牙周袋變淺的目的。
提到牙周翻瓣術首先從牙周病的病因談起，牙周病的使動因子是牙菌斑，速度針對這些菌斑免疫反應決定了牙周炎的嚴重程度，因此針對牙周炎的治療歸根結底要消除致病菌因素，而機械清除牙菌斑，如牙周潔治、刮治和根面平整等。
牙周炎最重要的病理性改變就是牙齦的結合上皮和下牙根方向移動形成牙周袋，進而引起牙齦下方牙槽骨的吸收。平時要注意個人口腔衛生，養成良好的個人口腔衛生習慣，要戒除煙、酒習慣，調理調控全身的健康狀況，然後根據檢查結果，決定是否進行牙周翻瓣手術治療。
牙周翻瓣手術是指在局麻下，使用手術刀將牙齦切開、翻開黏骨瓣膜，使牙齒根部充分暴曬在直視下，而進行牙石的去除、袋內壁炎性肉芽組織的去除，祛完後再將黏骨瓣膜縫起來，放上賽治劑，這個過程叫做牙周翻瓣術，其目的是更加徹底地去除齦下牙石。
當通過齦上潔治術和齦下刮治術，再做牙周檢查時，牙周袋的深度仍然大於5毫米，這時就要通過牙周翻瓣手術把牙齦部分切除、把袋內壁的肉芽組織、牙石徹底清除掉，進行沖洗甚至上藥，再縫起來，使牙槽骨進行修正、保證牙周組織的健康、使得牙周袋的深度變淺、使得牙槽骨變成正常的形態以保證牙齒支持組織的健康。
但牙周翻瓣手術有適應證，如果患有一些全身疾病如高血壓、心臟病，這種情況下要慎重選擇牙周翻瓣的手術。