針灸對人體相對比較安全，但並不是絕對不會造成傷害。針灸有一定的副作用，比如針刺有創口，而且針具中的小針刀創傷會更大，也會對人體會造成疼痛，造成肌腱、神經損傷，如果針刺到胸胸腔中，還有可能會造成氣胸，但只要嚴格按照操作規程，一般不會出現問題。
針灸的治療原理是通過調節人體內在的機能來治療疾病，多數穴位可以通過針刺進行雙向調節，比如心率快或者慢都可以針刺內關穴，而且正常人扎內關穴不會對心率產生影響，腹瀉和便秘時都可以針刺天樞穴，所以這種治療方法相對比較安全。相對於艾灸，如果藥不對症則容易上火，這也是艾灸的副作用，所以針灸相對比較安全。
針灸對人體沒有任何害處，主要是由於針灸是自然療法，是一個綠色的療法，它沒有往機體裡灌注任何物品，跟藥不一樣，藥物有口服。
針灸完全是醫生利用一個針具的操作，調動體內自身的調節系統，來讓自身的調節系統出現激發，然後抵禦疾病、治癒疾病的方法，因此針灸對人體是沒有害處的。
另外，針灸是一人一方，就是每個人，別看都是頭疼，但是每個人的表現是不一樣的，所以每個人的頭疼，大夫所用的施於處方和施於的手法都是不一樣的，因此它是呈現個性化的治療，也是特別重要的方法。
針灸對人體最多來說，可能會覺得扎針的時候微微的一點點痛感或者是有一點皮下出血，但是這種情況都不是危害，是在穿刺過程中有可能遇見的事情，都是正常現象，過1-2天就會好轉。
針灸過多對身體有害需根據多的程度判斷，一般針灸是較安全的治療方式，任何一種治療方式過猶不及 ，過度即弊大於利。到正規醫療機構就診，針灸治療療程、間隔時間，醫生心裡有底，會與病人溝通，所以不必擔心針灸治療過多對身體有害處。
針灸治療周期有一定要求，絕對不是無限期延長，中醫講究調和、講究平衡，不講究任何一種再好的治療方式擴大化或者極致化，對人體沒有幫助，而是弊大於利。
臨床上針灸一般均依照疾病所對應療程進行針刺，在療程裡均沒有害處，但不能針灸過多，過多強調一直、每天這種長期針刺，會增加感染風險，病人體感疼痛比較明顯等，這時弊大於利。所以建議針灸按照醫生要求，按照療程進行治療即可。
扎針灸是拿著針往身體裡面扎，有輕度的不良反應，如扎針的時候針尖通過皮下會有輕微的疼痛。如手法操作過重會有劇烈的針感，如酸、麻、重、脹，有的人能忍受，有的人不能忍受。這不是副作用，而是正常的感覺。
扎針灸起針的時候會有出血，出血在皮膚以外，局部按壓就能夠止血。出血在皮下導致局部形成小血腫，局部沒有其他特殊的感覺，可以第2天進行熱敷，會慢慢消散，它不是嚴重的副作用，只是輕度的不良反應。
但是如果不是正式針灸師或者自學的人群，沒有按照規範操作或者扎針的部位不準確，會出現不好的事。在胸腔進行針刺的時候，垂直針刺特別深容易導致氣胸。
反覆使用一次性針容易引起彎針或者折針，扎針過程中體位變化，針會在體內打折，拔針的時候難以拔出或者出現折斷的情況，相當於醫療事故，應該進行專科處理。