如果兒童腱鞘囊腫較小，完全不用特殊的治療。如果腱鞘囊腫逐漸長大，可以考慮使用注射器將囊液抽出來，或將腱鞘囊腫徹底切除。
腱鞘囊腫是發生於關節腱鞘內的囊性腫物，內含有無色透明或橙色、淡黃色的濃稠黏液。本病多發於青年和中年，女性多於男性，最常見於腕部背側，其次是腕部掌面的橈側，亦可發生於手掌、手指和足背部，少數發生於膝及肘關節附近，是一種關節囊周圍結締組織退變所致的病症。
腳背腱鞘囊腫的治療方法主要看對於日常生活的影響程度。如果腱鞘囊腫較小，病人沒有明顯的症狀，一般無需特殊處理。如果腱鞘囊腫逐漸長大，對足背產生逐漸的壓迫感，或形成比較明顯的疼痛，可以考慮使用注射器將囊液抽出來，然後注入適量的 Triamcinolone Acetonide 。
如果囊腫消退就算治癒，如果囊腫繼續生長的話，可以考慮在局部浸潤麻醉下將腱鞘囊腫徹底切除。腱鞘囊腫切除之後，會有一定的復發概率，但總體來說效果良好。
兒童腱鞘囊腫也比較常見，可以首先選擇保守方法進行治療，比如按摩、熱敷，這兩種方法有助於促進囊腫部位的血液循環，消除腫脹的現象。在進行熱敷的過程中熱敷溫度不應太高，否則會燙傷皮膚。
當保守方法治療效果不明顯時，可以選擇手術方法徹底切除。雖然手術可以將腱鞘囊腫切除，但是很容易復發，所以在切除後應該密切觀察患有腱鞘囊腫的部位是否出現了復發的先兆。除了這兩種方法，還可以選擇一些其他方法治療腱鞘囊腫，比如用手按壓或者擠壓，將囊腫部位擠破，這種方法並不適用於所有病人，需要根據自身的情況來選擇合適的治療方法。
腱鞘囊腫好發於關節囊和肌腱腱鞘附近，最常見的部位是手腕背側、足背，有時也發生於膝關節腔內、肩關節內，但都比較少見。
腱鞘囊腫是良性腫物，是關節內積水通過關節囊薄弱區滲透到皮下形成的囊性腫物，不會增大太多，隨著活動量增大，囊腫會有所增大。休息之後囊腫會逐漸減小，因此對於沒有功能障礙、沒有疼痛的腱鞘囊腫，可以保守治療，觀察就行了，不需要特別的處理，平時減少活動量會讓囊腫變小。
如果囊腫過大，影響美觀或者影響關節的活動，出現疼痛不適的感覺，就需要切除囊腫，常選擇麻醉下囊腫切除術，手術切除囊腫同時修復薄弱區的關節囊，可以儘量避免囊腫的復發。
對於發生在手背和部位的腱鞘囊腫，也可以在囊腫比較大、比較硬的時候用手揉碎、擠破囊腫，囊腫的液體滲到皮下，逐漸吸收，囊腫就消失了。