巧克力囊腫可以懷孕，但不一定可以懷孕成功，這個疾病引起女性不孕症的機率比較大。
巧克力囊腫也叫卵巢子宮內膜異位症囊腫，屬於子宮內膜異位症的一種，可能會導致病人出現比較嚴重的骨盆腔沾黏、影響卵巢的正常排卵，而降低女性自然懷孕的機率。
巧克力囊腫比較小，臨床症狀不典型，先嘗試懷孕，會有懷孕的成功的可能。
巧克力囊腫比較大或引起明顯的臨床症狀，比如經痛，應該先進行手術治療，通過手術把囊腫剔除，手術之後身體恢復正常，再考慮是否能夠懷孕，也能夠增加女性懷孕的成功率。
巧克力囊腫的病人是否可以懷孕，建議去醫院通過檢查後判斷。
巧克力囊腫會對生育功能產生不利影響，發生不孕症的概率約為50％。
巧克力囊腫又稱卵巢子宮內膜異位囊腫，是最常見的子宮內膜異位症類型。這種疾病是因為子宮內膜組織長在卵巢上並反覆出血、無法排出，引起了周圍組織炎性反應、疤痕形成而成為囊腫，囊內液為暗咖啡色巧克力狀的陳舊性血液而得名。
巧克力囊腫病人會因為卵巢、輸卵管沾黏而影響受精卵的正常運輸，從而影響女性的正常受孕。如果巧克力囊腫破裂，則會導致急腹症，加重整個骨盆腔組織沾黏，更加影響受孕。此外，巧克力囊腫也會增加妊娠後的自然流產率。
因此，對於合併不孕症的巧克力囊腫病人，建議手術治療，目前多採用腹腔鏡手術，手術效果取決於病變程度。術後則應積極配合醫生制定的治療方案進行治療，爭取儘早妊娠。術後半年內是最佳懷孕時機，若術後超過2年仍不能妊娠者，再妊娠的機會很小。
巧克力囊腫屬於卵巢型的子宮內膜異位症，如果是發病很久的巧克力囊腫，確實會增加不孕症的風險，但並不意味著所有巧克力囊腫即卵巢型子宮內膜異位症病人都會不孕症。
在疾病的初期階段，許多女性卵巢仍能正常排卵，能夠被輸卵管所撿拾。通過輸卵管的蠕動，讓精子、卵子相遇，繼而形成受精卵，並且滾動到宮腔內發生著床，從而正常懷孕。所以並不是所有的子宮內膜異位症或者卵巢型子宮內膜異位症，一定會發生不孕。
不過隨著子宮內膜異位症的不斷進展，不孕的風險確實會逐漸增大。因為到了卵巢之後的子宮內膜，仍然隨著卵巢周期性雌孕激素的變化，發生周期性剝脫出血。與正常的子宮內膜剝脫形成的月經不同，異位在卵巢的子宮內膜出血無法從子宮頸陰道排出，從而在卵巢內形成越來越大的囊腫。
而且囊腫在生長過程中可能自發破裂，存在陳舊性血液的流出。由於陳舊性血液的性質較為黏稠，而且存在子宮內膜的脫落細胞，因此與周圍臟器形成越來越緻密的沾黏，如子宮後壁、骨盆腔腹膜、大網膜、腸繫膜、輸卵管、輸卵管繫膜和闊韌帶等，進而影響卵巢的正常排卵。
在由於卵泡發育成熟之後，也沒有辦法破裂排出，就沒有辦法讓精子和卵子相遇。而且由於嚴重的沾黏，導致輸卵管的蠕動障礙，造成輸卵管傘端拾卵的障礙。
由上可知，在有子宮內膜異位症囊腫的狀態下，隨著子宮內膜異位症的進展，確實會顯著增加不孕症的風險。因此對於年輕育齡女性，發生了卵巢型子宮內膜異位症，一定要儘早完成妊娠和分娩，以免因疾病進展而導致未來出現不孕症。
巧克力囊腫初期是可以懷孕的，如果末期病情非常嚴重，懷孕的機會就會大大降低，甚至不孕率可以達到40%-60%。
巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現，所謂子宮內膜異位症就是正常的子宮內膜應該在宮腔內，但是有一些有活性的子宮內膜出現在子宮外，比如骨盆腔內膜、卵巢表面和盆底等。這些有活性的內膜在月經期也會出血，但是由於血排不出去，就會在局部淤積造成巧克力囊腫，或者造成骨盆腔廣泛沾黏。
巧克力囊腫如果小，初期腫塊小於4-5公分，可以不考慮手術，用其他的方法，比如藥物治療。如果到了嚴重的階段，骨盆腔廣泛沾黏，或者卵巢巧克力囊腫腫塊大於5公分影響受孕，這個時候就要考慮動手術。動手術之後，應用一些藥物鞏固治療，可以明顯改善受孕機會。