巴氏腺囊腫是一種感染，由於感染了葡萄球菌、大腸埃希菌，或者是一些特殊的經過性傳播的如淋菌等，都容易出現外陰炎症。
外陰炎症有時容易侵及女性巴氏腺導管，由於女性在兩側大陰唇後方都有巴氏腺，而巴氏腺通過導管開口於女性小陰唇與處女膜溝內。
如果有一些炎症刺激，可能會感染到巴氏腺導管開口，容易出現細胞腫脹，導致巴氏腺分泌的液體沒有辦法及時引流出來，自然而然形成巴氏腺囊腫。
當感染進一步地加重，就容易導致巴氏腺囊腫的發生，局部出現非常明顯的紅、腫、熱、痛等炎症表現。如果膿腫的膿液逐漸被吸收，又會被巴氏腺所分泌的黏液替代，逐漸又會轉變成巴氏腺囊腫。
因此這種炎症可能是巴氏腺囊腫和巴氏腺囊腫交替反覆出現，治療主要還是針對於炎症給予相應的治療。必要的時候，可能需要切開引流，才能夠徹底治療。
巴氏腺主要作用就是分泌黏液，有些女性會出現巴氏腺的先天性狹窄或排泄不暢，從而阻塞了腺口，這樣很容易感染而形成膿腫，從而導致巴氏腺囊腫的形成。
巴氏腺囊腫如果比較小，沒有什麼不適的症狀，可以不用太擔心。除了注意個人衛生、保持會陰部的乾燥外，還可以局部塗抹抗炎的藥膏治療。如果囊腫比較大，需要行切開引流治療。
當病人出現高熱、寒顫等全身反應時，病人除了局部治療外，還需要口服或靜脈應用抗生素等藥物治療就可以了。
巴氏腺急性炎症過後，或分娩時由於陰道裂口、側切引起疤痕癒合引起巴氏腺腺管阻塞，影響分泌物排出，最終都會形成巴氏腺囊腫。
巴氏腺囊腫的本質是腺管阻塞，因此一切導致巴氏腺腺管阻塞的原因最終都會促使巴氏腺形成囊腫。
巴氏腺囊腫形成後大小不等，部分病人可自覺無症狀，因此無需處理，如果囊腫逐漸增大，或合併感染，出現會陰區紅腫熱痛等症狀，一般建議積極治療，常用的方法有二氧化碳雷射造口術，單純膿腫切開排膿等。
巴氏腺位於兩側大陰唇下方，腺管的開口位於小陰唇內側，靠近處女膜處。因為解剖部位的特點，所以在性交、分娩或者其它情況污染外陰部的時候，病原體容易侵入而引起炎症。在急性炎症的時候，病人會感覺外陰的一側疼痛，在巴氏腺的部位會感到有腫脹甚至不能走路。
這時局部的皮膚發紅、發熱、壓痛明顯，有的時候會形成膿腫，可以觸及到波動感。有的時候膿腫會自行破裂，疼痛也就會好轉。如果不能自行破裂，有的時候要到醫院去切開引流。當慢性炎症的時候，由於巴氏腺的腺管被阻塞，分泌的液體不能排出體外，就形成了囊腫，也叫巴氏腺囊腫。