巴氏腺囊腫有一些有可能會自行消失，但並非每個病人的巴氏腺囊腫都能自行消失。當病人能夠感受到外陰有腫物，即使觸碰並不是很疼痛，幾乎沒有任何臨床症狀，沒有任何不適感覺，也應該及時到醫院進行檢查，給予相應治療。
巴氏腺囊腫是因為在兩側大陰唇後方各有一個巴氏腺，巴氏腺會通過導管開口於病人小陰唇和處女膜溝內，在溝內的腺管開口。如果受到炎症和其他外界影響因素，發生炎症或阻塞，導致巴氏腺里分泌的黏液沒有辦法及時引流出來，此時就會膨大成囊腫，即前庭腺囊腫。
有一部分病人繼發性細菌感染後會導致巴氏腺囊腫，其臨床症狀非常典型，會出現嚴重充血、疼痛，甚至可能會影響日常生活和工作。需給予抗生素進行消炎處理，必要時還需切開引流，促進巴氏腺囊腫儘快癒合。
有很少的一部分病人，巴氏腺囊腫可能會自行炎症消散，進而逐漸變成巴氏腺囊腫，因此可能會出現巴氏腺囊腫和巴氏腺囊腫交替變化。
還有部分女性，在巴氏腺囊腫非常小的時候，有可能會自行消失，可是也有可能再受一次炎症侵襲，導致巴氏腺囊腫再一次發作。所以巴氏腺囊腫有可能會反覆發作，因此一定要及時到醫院進行正規治療。
大多數巴氏腺囊腫不能自愈，但也並不一定所有的巴氏腺囊腫都需要治療。
囊腫無症狀，不會有疼痛感，也不會有腫脹感，只是裡面有水。如果囊腫的大小在1-2公分，並不影響日常生活，比如走路並沒有摩擦感，行房時並不影響，此時囊腫就可以不治療，但需要嚴密觀察。
繼發感染一旦形成膿腫，局部通常會有紅、腫、熱、痛，此時就需要行手術切開引流。還有種情況是囊腫沒有感染，但是比較大，比如到3公分以後，有走路摩擦感或者行房困難，此時也需要手術治療，一般也是把囊腫做一個造口切開引流，之後讓其慢慢從裡到外癒合。此種囊腫如果不去手術，或者不干預它，一般不會消失。
巴氏腺囊腫通常不會自愈。巴氏腺囊腫是生育期婦女的常見病、多發病，主要是由於外陰或陰道局部炎症，導致巴氏腺腺管阻塞，使其內液體無法流出而形成。若巴氏腺囊腫不伴有不適症狀，不建議用藥治療。
對於小的巴氏腺囊腫，注意性生活及月經期的衛生，加強外陰局部的護理，避免局部感染即可。如果局部合併感染，出現紅、腫、熱、痛等相應症狀，可以應用消炎藥進行治療，臨床上常用廣效性抗生素如頭孢類，聯合甲硝唑治療。
病人應遵醫囑口服抗生素預防感染，保持外陰清潔衛生，穿棉質、透氣性好的內褲，勤換內褲及護墊，睡前清洗外陰，避免進食辛辣刺激性食物，定期去醫院婦科複查。