通常情況下，做完大腸鏡以後肚子咕咕叫不需要治療。肚子咕咕叫，是由於腸蠕動過快導致的腸鳴音亢進。做完大腸鏡以後出現這種現象，是由於做大腸鏡的過程中對腸管壁的刺激作用引起的。停止做大腸鏡後這種刺激就會被解除，休息一段時間後腸蠕動功能自然就能恢復正常，不會再出現肚子咕咕叫的聲音。
如果病人症狀較嚴重，腹痛、腸鳴比較明顯，可在醫生的指導下適當服用腸黏膜保護劑，比如蒙脫石散。如果病人出現大便較稀，可服用中成藥黃連素。如果腹痛劇烈、臉色難看、出血量較多，則可能腸道內有出血，病人需及時就診。
此外，還需要注意飲食，要攝入溫軟、易消化的食物，不要攝入易導致脹氣的食物，也不要攝入生冷、刺激性大、油炸、酸辣的食物，碳酸飲料暫時不能喝。
大腸鏡做完肚子咕咕響，通常需要1天左右的時間恢復。
進行大腸鏡檢查時，為了能夠看清楚，通常需要向腸道內注射氣體，使腸腔擴張，幫助發現病變。不同的醫院注射的氣體不同，多數醫院可能會用空氣，在檢查的過程中，空氣在腸道中不容易被吸收，隨著腸道蠕動，可能出現串氣的表現，可以表現為腸道咕咕響。部分病人可能還會出現腹痛以及脹滿感，建議病人排出氣體，緩解相應症狀。
部分醫院進行大腸鏡檢查時，會用二氧化碳氣體填充，二氧化碳可以通過腸黏膜吸收，而且吸收速度比較快，做完大腸鏡以後一般不會有不適的感覺，即使有不適的感覺，很快也能恢復。總而言之做完大腸鏡以後肚子咕咕響，通常是由於腸道注入氣體導致，通常1天左右就能夠恢復正常。
大腸鏡檢查是協助結直腸疾病診斷的重要檢查手段，一般情況下，肚子咕咕叫在術後數小時之內即可緩解。
通過大腸鏡檢查，可以非常清晰並直觀的觀察到病人的結直腸以及部分迴腸末端的黏膜，協助診斷炎症性腸病、缺血性腸炎以及結直腸腫瘤等疾病。如發現明確的病變，還可通過切片檢查鉗鉗取病變組織送病理學檢查，進而協助病變性質以及嚴重程度的判定。在大腸鏡檢查的過程中，檢查者往往會注入一定數量的氣體，以使腸腔充盈、皺襞展平，便於觀察。因此，在進行大腸鏡檢查後，病人往往會出現腹脹以及肚子咕咕響等腸鳴的症狀。此時，病人可嘗試適當的活動，並輕柔地按摩腹部，以促進所注入的氣體順利排出，往往在術後數小時之內症狀即可緩解。
做完大腸鏡的病人應暫時禁食2-4小時，若有鏡下治療，禁食時間應當延長，同時應當臥床休息，避免劇烈活動，之後可進食清淡、易消化的食物，但需禁食容易產氣的食物。