早孕期的自然流產，病因包括遺傳物質異常、母體內分泌異常、母體生殖器異常、感染以及其他等原因。
早孕期的自然流產絕大多數都源於遺傳物質的異常。遺傳物質的異常可分為染色體異常、重要的基因異常以及嵌合體等，可遺傳自父母、可來自染色體交叉配對異常，也可來自基因突變。其中又以染色體交叉配對異常最為常見。以往我們掛在嘴邊的基因突變，在自然界中其實並不常見。同時，因為大多數父母表面看上去都是正常人，他們的染色體大多也是正常的，所以由父母遺傳物質異常導致的自然流產，其實也不常見。這也就是為什麼僅一次自然流產並不需要夫妻雙方去查染色體，只有出現兩次稽留流產，才需查男女雙方染色體、自身抗體等項目。
母體內分泌異常導致的自然流產常見於甲狀腺功能異常、高泌乳激素血症、黃體功能不足、多囊性卵巢症候群等。甲狀腺機能低下易導致早孕期的自然流產，不僅如此，甲狀腺低下還會導致卵巢早衰，實在是相當可怕了。而且甲狀腺低下發病有時很隱匿，因此年輕女性也該做好體檢。高泌乳激素環境會導致卵子質量下降和黃體功能不足，黃體功能不足會導致內膜蛻膜化不良、胚胎著床異常。多囊性卵巢症候群不容易懷孕大家都知道吧？其實不止是不孕，多囊還會導致流產。
母體生殖器異常包括各種各樣的子宮畸形、內膜異常、子宮頸機能不全、巨大的子宮肌瘤尤其是黏膜下肌瘤等。這塊真沒什麼好講的，如果有以上疾病的，應在孕前就解決，否則很容易造成流產。
感染所導致的子宮內膜炎和子宮頸管炎也會導致自然流產。感染源分為特異性感染源和非特異性感染源。特異性感染源主要包括各種性病的病原體，如人型支原體、沙眼衣原體等。非特異性感染源包括各種各樣的陰道常駐菌，免疫力弱時就會出來興風作浪。要想避免感染導致的流產，除了潔身自好，幹活帶套之外，還需好好鍛煉身體增強免疫力，陰道炎是防不住的，所能做的也只有有症狀及時治療，不讓小病拖成大病罷了。
除了以上病因以外，自然流產還差一味病因，就是「其他」。主要包括精神緊張、營養不良、生活方式不健康等，當然還包括外傷。