男性HPV感染有可能自愈。
首先要知道的就是，如果檢查發現HPV陽性，如果病人身體沒有出現任何症狀，則可能不需要進行治療。因為大部分的病人，可以通過自身的免疫能力，把病毒清除，這一過程大概需要一年的時間，因此這些病人在這期間，只要做好定期隨訪，同時注意合理飲食，調整自己的生活習慣，適當鍛煉提高自身免疫力即可。
如果檢查HPV陽性，並且病人出現了扁平疣、尋常疣、菜花等疾病的相關症狀，就應根據自己的病情，在醫生的指導下選擇合適的方法，進行治療。目前在臨床中常用的治療方法，包括以下幾種。
第一，物理治療：此方法可去除肉眼可見的皮膚上出現的瘤體和亞臨床感染，常用的物理治療方法包括雷射、微波、冷凍、電灼、光動力療法等。
第二，藥物治療：多是採用一些具有灼傷作用的化學藥物治療。常用藥物包括足葉草脂毒素酊、三氯醋酸、 Imiquimod 、 Fluorouracil 軟膏等。
第三，免疫療法：可使用的藥物包括了胸腺肽、轉移因子、干擾素、白介素、卡介苗、異維A酸、自體疫苗等。
此方法主要作用於減少復發的機率，和加快清除體表的病灶。
男性HPV感染的自愈概率較女性高，但並不是所有的男性HPV都能自愈。
HPV病毒的繁殖與否，和宿主機體的免疫力息息相關，絕大部分HPV感染可以在兩年內被人體清除，稱之為自愈。少數不能清除，形成菜花甚至子宮頸癌、陰莖癌等。
HPV病毒喜歡潮濕的環境，男性的生理結構較女性生理結構而言，更為暴露，不利於HPV病毒的生長繁殖，所以，男性感染HPV病毒後，自愈率高。
但是，男性HPV感染，也有不能自愈的案例，比如男性菜花病人，也偶爾可見男性持續陰莖HPV感染導致陰莖癌的報導。