肌肉萎縮多數是由於外傷、手術後和長期臥床，造成的肢體長時間得不到正常的活動和鍛煉造成。如果想要儘快恢復肌肉萎縮，就要求一旦身體條件允許立即開始功能鍛煉，比如手術以後切口初步癒合、骨骼穩定，要儘早開始肢體鍛煉，包括關節的活動度和肢體的力量訓練等。同時要加強身體狀況的改善，主要是加強身體營養，加強優質蛋白的攝入，包括魚肉、蛋類、牛奶、雞肉等，這些蛋白身體易於消化和吸收。
具體肌肉萎縮恢復的時間要看病人的具體情況，輕一些的病人可能需要2-3個月，重一些的病人可能需要0.5-1年或更長的時間，但是不要失去信心。肌肉萎縮還有一個常見的原因是神經損傷，包括中樞神經損傷和周圍神經損傷，中樞神經損傷包括常見的腦出血、腦血栓等，周圍神經損傷包括外傷和周圍神經病，這種情況想改善肌肉萎縮可能會更困難，需要優先或者同時解決神經損傷的問題，同時加強四肢肌肉鍛煉。
小腿肌肉萎縮一定要採取綜合治療的方法，要去除病因，然後再進行功能鍛煉、物理治療，從而使萎縮的肌肉逐漸增強。小腿肌肉萎縮常見的原因是廢用性萎縮，常常是因為骨關節炎導致關節活動下降，從而造成肌肉的廢用性萎縮。
另一種原因是肌肉失神經支配，下肢肌肉的神經出現損傷，如椎間盤突出症、腰椎管狹窄症等，導致肌肉功能下降，從而出現萎縮。肌肉萎縮要去除病因，同時通過以下方法進行治療：
每天可以進行慢跑或者是主動的背伸、跖屈踝關節，從而使脛前肌、腓腸肌主動的收縮、舒張，能夠提高肌肉的強度，通過物理刺激增加肌肉的體積。也應該進行熱敷或理療，每天晚上用40℃左右的溫熱水泡雙足踝，促進局部的血液循環，從而改善肌肉的血液，有利於肌肉功能的恢復。病人可以適當的使用營養神經的藥物，如甲鈷胺(甲鈷胺片)、腺苷鈷胺(腺苷鈷胺片)等，治療椎間盤突出症或者是腰椎管狹窄症，避免腰5/骶1神經的受損，從而避免肌肉的萎縮。
通過病因的治療，絕大部分的肌肉萎縮能夠得到較好的恢復，但是其恢復時間一般較長，需要1-2年的時間。
肌肉萎縮一般需要3個月到12個月左右能恢復，因為病情嚴重程度不同，個人體質不同，所以恢復肌肉萎縮的時間也不同，具體時間需要因人而異。
出現肌肉萎縮可能與肌肉營養不良有一定的關係，也有可能是外傷或病毒感染等原因引起。如果病人的病情比較輕，而且治療的比較及時，通過規範有效的治療可以改善肌肉萎縮情況，一般在治療3個月左右病情會得到好轉，會消除肌肉萎縮情況。但如果病人的病情比較嚴重，而且損傷了局部神經，治療的時間會相對較長，在治療期間還需要進行肌肉恢復鍛煉，能夠恢復肌肉以及神經受損情況，一般在12個月左右能夠消除肌肉萎縮情況。但是這只是一個大概的參考範圍，具體時間還應根據個人情況來判斷。
如果是肌肉營養不良引起，需要多吃一些有營養的食物，比如雞蛋、瘦肉等，如果是病毒感染引起，需要在醫生指導下服用抗病毒的藥物，比如 Ribavirin 膠囊、 Ganciclovir 、 Acyclovir 等。另外也需要服用營養神經的藥物，比如甲鈷胺、維他命B1/B12等。
在治療期間還應適量的做一些肌肉拉伸、跑步、跳繩等肌肉訓練，能夠改善肌肉萎縮情況，有利於疾病恢復。