肝囊腫是臨床上非常常見的肝臟的良性疾病，隨著囊腫的增大，因為囊腫會導致肝被膜受到牽張或者是壓迫周圍的肝組織，病人可能會逐漸出現與體積增大而相關的症狀。
在臨床上最常見的因為肝囊腫增大而導致的症狀就是局部脹痛，特別是當囊腫超過10公分以後，症狀相對可能會更加明顯。
囊腫體積比較大，可能會壓迫到肝臟周圍的臟器，比如肝左葉的囊腫可能會壓迫到胃或肝臟髒面的囊腫壓迫到腸道，這個時候病人在吃飯以後可能會出現上腹部飽脹不適。
在臨床上還可以見到非常少數的囊腫破裂的情況，一般也都是見於比較大的囊腫，在劇烈的運動或者是突然遭受到比較巨大的外力撞擊以後，可能會出現囊壁破裂導致囊液進入腹腔的情況，如果在囊壁破裂的時候出血比較多，病人可能會有非常明顯的疼痛，如果出血不明顯，並不會有很嚴重的臨床問題。
少數肝囊腫的病人可能會出現繼發感染的情況，還有少數肝囊腫病人在隨訪的過程中可能會出現囊壁內出血的情況。
總體來講，絕大部分肝囊腫病人症狀都不明顯，很少會出現上述的這些併發症。
肝囊腫通常沒有明顯的症狀，在查體的時候發現肝臟囊性占位，比較大的肝囊腫會由於擠壓周圍的器官，或者牽拉肝臟包膜而出現腹脹。少數的肝囊腫是由於囊腫壁出血而出現腹痛症狀，有的會合併感染而類似於出現肝膿瘍的表現，主要症狀包括疼痛、寒戰、發熱、肝功能異常，甚至有的會出現黃疸。
有一種肝囊腫屬於常染色體顯性疾病即多囊肝，肝臟布滿，大小不等，成千上百大大小小的水泡樣囊腫，這種多囊肝往往肝臟體積明顯增大，病人出現嚴重的腹脹，部分由於合併肝功能不全而出現黃疸、腹水。
肝囊腫初期、小的時候症狀不明顯，往往都在體檢或做超音波時發現。隨著肝囊腫的增大，出現壓迫症狀，比如出現膽道的壓迫，出現黃疸。進一步發展體積增大，會出現上腹部飽脹、食欲不振或者影響食慾的症狀，再進一步發展會壓迫膈肌影響呼吸。如果肝囊腫突然增大，有可能是炎症、破裂或者出血，這時肝囊腫的症狀就會出現發燒、腹痛症狀，需要儘快到醫院就診。
隨著囊腫增大，會出現上腹部的特別是右上腹的憋脹、壓迫胃腸道，出現食欲不振或者消化不良。如果壓迫膈肌，就會影響呼吸，導致呼吸困難。如果進一步壓迫，會壓迫胸腔，影響心臟功能。一般肝囊腫不會出現這麼嚴重的症狀，如果肝囊腫突然腫大，或者突然增大，有可能是囊腫內出血、炎症感染，或者引起外傷破裂，就會引起上腹部疼痛、劇烈疼痛或者疼痛範圍逐漸增大，伴有發燒的急腹症症狀。這時需要儘快到醫院就診，以免耽誤病情。