女性感染HPV病毒從原則上講是可以懷孕的，HPV病毒臨床分為高危型和低危型，對於高危型HPV病毒感染者，主要容易誘發腫瘤，特別是子宮頸癌的發生，所以需要積極的抗病毒治療，但是感染這種病毒以後，形成子宮頸癌前病變需要的時間相當漫長，需要7-10年左右，可以儘早懷孕。
HPV病毒感染在子宮頸部位以後，很難通過胎盤或血液循環感染胎兒，也沒有證據表明HPV病毒會導致胎兒畸形或胎兒發育不良，從這個角度上看感染HPV病毒的女性是可以懷孕的，但是在懷孕期間女性免疫力會下降。理論上懷孕以後HPV病毒的複製會變得活躍，對女性傷害較大，所以在懷孕12週以後，胎兒已經很穩定的情況下，有必要在陰道鏡門診進行相應的監測和複查，以保證在整個孕期HPV病毒和孕婦和平相處。
HPV陽性感染是否可以懷孕，應根據具體情況具體分析。HPV有100多種基因亞型，多數為低危亞型，約13-15種屬於高危亞型。
如果發生高危亞型感染，應根據亞型感染的類別，以及相應的子宮頸液基細胞學的檢查結果進行綜合判斷，必要時可按照醫生的要求進行陰道鏡下子宮頸切片檢查，查看有無子宮頸癌前病變以及癌變。
如果除外子宮頸癌前病變以及癌變的可能，HPV自然轉陰可能至少需要1-2年左右的時間，此階段可以自然備孕、受孕、分娩，通常亦不會延誤高危亞型HPV感染的進一步檢查及治療，分娩後，應儘早再一次進行子宮頸液基細胞學的抹片檢查以及HPV檢測。
一些特殊亞型感染後，存在子宮頸癌前病變以及癌變，此時一定應先給予治療，徹底治癒後才可備孕。部分感染雖為低危亞型感染，但是涉及到菜花等性傳播疾病，建議儘量避免性生活、妊娠，等待疾病治癒後再準備妊娠。
HPV病毒陽性的女性並不影響受孕，妊娠期HPV感染對妊娠分娩方式沒有任何影響，對產婦產後併發症以及新生兒不良的結局也無明顯影響。HPV感染不是妊娠的禁忌症，但對於育齡期女性在備孕期間和妊娠期間，如果未定期做過子宮頸癌的篩檢，應該進行篩檢。
對於已經懷孕並且發現HPV感染的婦女，也不必要過於緊張，應同時進行孕期隨訪或者必要時進行陰道鏡檢查。妊娠篩檢的目的主要是看有沒有子宮頸癌，如果發現癌前病變，即使是高級別的病變，很少在孕期發展成為子宮頸癌，而且在產後也可以恢復正常。所以孕期發現不論是高級別或者低級別的子宮頸病變，不用治療，可以延遲到產後再複查或者治療。
妊娠期發現HPV陽性甚至發現癌前病變，均不是剖腹產的手術指征。妊娠期母體骨盆腔充血、生殖系統供血豐富、陰道分泌物增加，加上特殊的免疫狀態，較非妊娠期間容易感染HPV病毒。另外，妊娠期的子宮頸鱗狀上皮低級別或者高級別病變在產後可以逆轉，一般不影響妊娠和分娩。