已經感染HPV16仍然可以打子宮頸癌疫苗，因為子宮頸癌疫苗除能夠預防HPV16感染外，還能夠預防HPV18等感染。
疫苗還有交叉保護作用，尤其是二價疫苗，因為佐劑特別好，除預防HPV16和HPV18，對與HPV16、HPV18類似的HPV型別，比如HPV31/HPV33也有一定的預防作用，所以這時打疫苗仍然有用，可以預防HPV16、HPV18。如果感染HPV16，只能預防HPV18，以及與HPV16、HPV18類似的型別。
四價和二價疫苗都以預防HPV16和HPV18為主，九價疫苗還可以預防其他幾種高危型，但是HPV16和HPV18導致7成左右的子宮頸癌發生。
總體而言，感染HPV16後再打子宮頸癌疫苗仍然有效，但是對HPV16型別沒有用，因為疫苗是預防型疫苗，不是治療型疫苗，只對沒有感染過的HPV型別有用，對已經感染的HPV型別沒有作用。
感染HPV16型，可以打子宮頸癌疫苗。目前子宮頸癌疫苗可分為二價疫苗、四價疫苗和九價疫苗，不同劑量的疫苗，適應證也有所不同。二價疫苗適用於9-45歲女性，用於預防HPV16型和HPV18型感染引起的子宮頸癌，而四價子宮頸癌疫苗是在二價基礎上，增加對HPV6型和HPV11型低危型感染的預防。九價子宮頸癌疫苗是在四價基礎上，又增加對HPV31型、HPV33型、HPV45型、HPV52型和HPV58型高危型HPV感染的預防。
如果有感染，應積極治療，增加免疫力。因為大部分高危型HPV感染，是在自身強大的免疫系統作用下轉陰，免疫力增強即可轉陰，所以高危型HPV感染為一過性。子宮頸癌疫苗能預防未感染的HPV再感染，所以可以接種。女性接種子宮頸癌疫苗較好時間是在性生活發生以前，此時未有HPV感染，保護性強。但如果以後有性生活，仍需要定期進行子宮頸癌篩檢，因為即使已打九價疫苗，也不能預防所有HPV所導致的感染。
如果已經出現HPV16陽性，不建議再打子宮頸癌疫苗。子宮頸癌疫苗一般分為2價、4價和9價，其主要針對的分別都包括了HPV16、HPV18型，還有其他類型的亞型。
HPV16型一般最危險，臨床上HPV16、HPV18型兩個亞型加起來引起的子宮頸癌占到70%多，單獨HPV16型能占到一半以上的子宮頸癌。因此，如果自身存在HPV16型感染，再去打子宮頸癌疫苗意義並不大。
出現HPV16陽性，一般需要做的是儘量去做陰道鏡篩檢，儘量勤查TCT，一旦明確出現病變要做適當切除。如果自身存在癌前病變要切除子宮頸，若發展到癌症則要進一步大手術治療。
市面上並沒有打了子宮頸癌疫苗後，抗體能將HPV殺死的說法，目前對於治療性的子宮頸癌疫苗，還在臨床的實驗室研究中，還沒有能有現成的子宮頸癌疫苗應用到臨床。
目前的子宮頸癌疫苗都是針對預防性感染，就是其為一種蛋白，並不是打了此種子宮頸癌疫苗後能起到治療的作用。因此，如果自身出現HPV16型陽性，不建議再去打子宮頸癌疫苗來預防。