龜頭痛最常見的是龜頭包皮炎，這類病人通常伴有包皮過長或包莖，由於尿液的淤積和包皮垢的存在常誘發細菌的增生，引起急性的炎症反應。還可見於黴菌性龜頭炎病人，由一種叫做念珠菌的黴菌引起，可出現龜頭的紅斑、疼痛伴有搔癢和蛻皮。還可見於藥物性龜頭炎，此類病人通常因口服磺胺類、巴比妥類解熱鎮痛藥後，於服藥的一日內甚至數分鐘突然發病，出現龜頭的灼熱感、疼痛和紅色斑疹。
龜頭痛還可見於接觸性龜頭炎，主要是由於龜頭接觸過某些化學物質比如肥皂等刺激性物質，導致的龜頭痛，藥物性龜頭炎和接觸性龜頭炎主要是由體內的過敏反應和變態反應引起。
如果男性陰莖頭出現疼痛的症狀，是由於陰莖頭、尿道、膀胱，以及攝護腺的感染、炎症、結石所造成，比如尿道炎，病人會在排尿或者排尿結束的時候，出現陰莖頭疼痛的症狀，同時伴有頻尿、急尿、憋不住尿的症狀，有的時候還會出現從陰莖頭流白色或者黃色膿性分泌物的症狀。
如果是陰莖頭炎或者是包皮炎，病人的症狀表現為包皮和陰莖頭的紅腫、發癢、疼痛，嚴重的時候會出現潰瘍的症狀。包皮過長或者是包莖的病人出現嵌頓包皮的時候，由於陰莖頭和包皮的靜脈回流受阻，也會引起陰莖頭疼痛的症狀。
男性出現龜頭痛的常見原因是包皮龜頭炎，好發於包皮過長或包莖的病人。病人除疼痛以外，會伴有包皮、龜頭的紅腫，部分病人的龜頭會出現小紅點，或者出現脫屑，嚴重者可出現龜頭的局部潰瘍，或者局部分泌物增多。此類病人需進行外用治療，常用的外用藥物包括高錳酸鉀溶液、聚維酮碘濃液等。
但需要注意的是，高錳酸鉀溶液在外洗時，需要注意高錳酸鉀溶液的濃度，通常建議採用1∶5000以上的濃度。如果濃度太高，會造成龜頭或包皮的局部損傷。另外病人可以採用中藥外洗，如皮膚康洗劑。除此之外還可以採用中藥、草藥進行煎湯外洗，常用的中藥方是三黃洗劑，包括大黃、黃連、黃柏、苦參、白蘚皮、蒼朮、白礬等，煎湯外洗可以起到較好的療效，可以快速緩解局部炎症。
如果男性在平時自慰過度或性生活過於頻繁，再加上自慰或性生活的過程當中動作過於劇烈、粗暴，容易對龜頭造成過度摩擦刺激，就會引起龜頭痛，嚴重者還可能會造成龜頭黏膜破損。
包皮龜頭炎常見於本身存在包皮過長的男性，由於包皮內藏污納垢，導致積存過多的包皮垢，久而久之容易誘發包皮龜頭炎，在炎症性產物的刺激作用下可引起龜頭疼痛，可伴有龜頭局部黏膜糜爛、滲出等表現。可行藥物治療如咪唑類軟膏等，藥物需在醫生指導下應用。
如果本身患有上輸尿管結石，在結石移動脫落的過程當中進入到輸尿管或膀胱壁部位，或者是嵌頓在尿道口附近，進而引起反射性的龜頭疼痛。可行手術治療如輸尿管結石取石術等。