儘管嗎啡止痛藥在正面發揮的作用很強大，依然不可否認其存在的副作用。
比如抑制中樞神經系統。表現為嗜睡、某種程度的欣快感，性格的改變等。長期大量使用還會使人注意力不集中、記憶力減退，甚至嚴重時會出現譫妄、幻覺等精神失常的表現。最初發現嗎啡的化學家曾給狗吃下一定量的嗎啡，結果狗很快昏睡，強刺激也不能使其甦醒，並且其本人吞下一定量嗎啡的粉末也長睡不醒，可見嗎啡的抑制中樞神經作用之強。
比如抑制呼吸系統。如果在臨床上遇到支氣管氣喘的病人一般禁用嗎啡，因為氣喘本身會出現呼吸困難，表現為反覆發作性喘息，如果再應用嗎啡會更加抑制呼吸，甚至大劑量應用還有發生呼吸停止的危險。
比如抑制胃腸功能。嗎啡可使胃腸道平滑肌、括約肌興奮，從而增高肌肉張力，使胃腸蠕動緩慢。因此長期服用嗎啡容易便秘。
比如藥物依賴性。長期使用嗎啡易造成成癮性，並且注射比口服更容易成癮。一旦成癮後，病人會不斷增加嗎啡的用量以期望達到相同的效果。同時，嗎啡成癮者還會出現戒斷症狀，如流汗、顫抖、肌肉疼痛。
嗎啡能夠有效的抑制我們的大腦皮層痛覺區，所以服用嗎啡能夠起到強力的鎮痛作用，所以有特定疾病，會產生強烈痛感的病人，服用嗎啡能夠起到很好的緩解效果。比如一些末期癌症病人會產生劇烈的疼痛感，這種痛苦是我們常人所難以想像的，所以這個時候服用一些嗎啡，是他們解除痛苦和困擾的主要途徑，因此嗎啡也是很多惡性腫瘤病人經常使用到的一種藥物。但正是因為嗎啡會對我們的中樞神經系統造成一定的刺激，所以使嗎啡具有很強的耐受性和依賴性。有很多病人長時間使用嗎啡進行治療後，會出現依賴性，所以在使用嗎啡的時候更要謹慎。
在使用嗎啡的過程當中還有可能會出現一些副作用，比如說病人會出現噁心和嘔吐的症狀，尤其是一開始使用嗎啡的病人，出現噁心和嘔吐的情況最為常見。這是因為嗎啡會刺激到我們的腦部，使我們出現這些消化道方面的症狀。除此以外，嗎啡還會導致我們出現皮膚上的症狀，嗎啡會使我們的皮膚表面血管出現擴張的情況，皮膚局部會發紅，而且還會伴隨著搔癢感，這個時候還可以服用一些其他藥物來緩解症狀。除此以外，嗎啡還有可能會導致我們出現情緒不穩，甚至是精神錯亂的副作用，對於年紀較大的病人來說，更容易出現這一類情況。
長期使用嗎啡有可能會產生依賴性，而且使用嗎啡的時候也會不可避免的出現一些副作用。所以我們一定要謹慎使用嗎啡，尤其是要控制好使用的量，如果嗎啡使用過量，很容易導致急性中毒症狀產生，使病人出現昏迷，呼吸淺弱，血壓迅速下降等症狀。