臉部進行玻尿酸填充的主要後遺症，就是局部形態的問題。如果填充的是正規產品的玻尿酸，相對來說發生嚴重不良反應的可能性，比如局部感染、排斥反應的風險比較低。一般情況下都是注射很長一段時間，發現玻尿酸並沒有完全被吸收，這主要是局部形成包裹而影響，如果病人不喜歡這種形態的變化，就可以通過注射玻尿酸溶解酶將它溶解掉。
還有一種嚴重的不良反應，就是玻尿酸注射之後，突然發現大片皮膚出現淤青，甚至慢慢出現結痂，這種情況就是玻尿酸引起的栓塞。無論是正規產品，還是非正規產品，都有可能在注射的時候發生這種風險，就會在相應的注射區域內出現皮膚壞死，留下明顯的疤痕和色沉的問題。
對於病人而言，玻尿酸填充已經成為目前比較常用的填充軟組織的材料，將玻尿酸填充在臉部，勢必還會有出血、感染的風險。如果發生上述風險，需要在注射後進行局部切開，放出玻尿酸，就會在皮膚局部形成疤痕，這種疤痕可能後期會慢慢修復，但一定會留下痕跡。
病人還可選擇注射玻尿酸溶解酶，但之後的確會有交聯劑殘留的問題。所以病人要選擇正規的玻尿酸注射，就可以防止不當的玻尿酸交聯劑的殘留問題，而且注射玻尿酸後的不良反應相對也會小些。
還有一種情況是病人本身體質有問題，是比較敏感的體質。在注射玻尿酸之後，會出現玻尿酸過敏反應，局部就會出現反覆腫脹、發紅的現象。此時建議病人將玻尿酸徹底溶解或者取出為佳，因為這種過敏現象一旦曾經發生過，就很難完全不再過敏，很可能在免疫力不好或者有其他問題時，注射部位還會出現相應的反應。
玻尿酸反覆注射後，通常會出現皮膚軟組織僵硬、局部異物、肉芽腫反應、遲發性變態反應。
玻尿酸注射包括交聯玻尿酸和非交聯玻尿酸，非交聯玻尿酸是以水光針微滴注射的方式，給予皮膚注射，用來改善皮膚缺水情況，非交聯玻尿酸發生後遺症的情況較少。交聯玻尿酸反覆注射後，交聯劑在一定程度上會有殘留，殘留後可能會形成局部皮膚軟組織腫脹不能消退，造成僵硬或不自然的情況。
由於交聯劑的存在，會持續刺激機體成纖維細胞的活躍，形成增生性的反應，可能會出現異物肉芽腫樣的局部皮下腫塊、結節，會引起皮膚觸感或視覺上的凹凸不平。
如果玻尿酸或交聯劑成分殘留後，長期在人體當中發生反應，可能會造成人體的遲發性過敏反應，稱為遲發性變態反應。可能會在人體整體機能下降或體質比較弱的情況下，形成潛在的過敏源，可能會造成局部過敏反應，形成發炎、紅腫，甚至流膿、破潰等遲發性變態反應急性化的表現。