臨床並沒有明確的科學研究表明加味逍遙散的副作用是什麼。但在服用加味逍遙散時，仍需要嚴格在醫生的指導下服用，不可自行盲目用藥，以免對身體健康產生不利的影響。
加味逍遙散由柴胡、當歸、白芍、白朮、茯苓、甘草、牡丹皮、梔子、薄荷等中藥成分組成，具有舒肝清熱、健脾養血等功效，可以用於緩解肝鬱血虛、肝脾不和、兩脅脹痛、頭暈目眩、倦怠食少、月經失調、臍腹脹痛等多種病症。雖然加味逍遙散的副作用並未明確，但由於每位病人的病情不同、體質不同，所以在用藥後的耐藥性也會有所不同。如果病人在用藥期間出現身體不適的現象，如腹痛、腹瀉等，需要立即停止用藥，及時前往醫院的中醫內科就診，在醫生的指導下根據不良反應的輕重調整用藥。
此外，病人在服用藥物期間還需要注意保持清淡、易消化的飲食，避免食入辛辣、油膩、生冷等刺激性的食物，如辣椒、火鍋、冰淇淋等，以免刺激脾胃，導致脾胃的吸收功能下降，從而影響藥物的吸收，影響藥物的治療效果。
加味逍遙散屬於中成藥，在醫生的指導下合理使用比較安全，病人普遍耐受性良好，副作用較少。偶見病人出現噁心、嘔吐、腹部不適等胃腸道反應，一般症狀較為輕微，停藥後症狀就可以消失，情況嚴重者請去醫院就診。極少數病人會出現皮疹、搔癢等過敏反應，對此藥過敏者禁用。
此藥屬於非處方藥，按照說明書推薦的劑量和療程使用比較安全，擅自超說明書用藥，會增加不良反應發生的頻率和程度，給身體造成傷害。如正在使用其他藥物，為防止藥物相互作用影響治療，請使用前諮詢專業人士。為保證用藥效果，服藥期間要保持情緒樂觀，切忌生氣、惱怒，忌生冷及油膩、難消化的食物。
加味逍遙散的成份為柴胡、當歸、白芍、白朮（麩炒）、茯苓、甘草、牡丹皮、梔子（姜炙）、薄荷，輔料為生薑。加味逍遙散說明書中不良反應項為尚不明確。在臨床觀察中，相比與 Propafenone 等藥物，加味逍遙散未觀察到比較明顯的副作用。
但根據所含成份進行分析，組方中多為活血藥。所以，孕婦慎服；平素月經量正常，突然出現經量過多、經期延長、月經後錯、經量過少，須去醫院就診；經期延長，月經量過多合併貧血者，應在醫師指導下服用；青春期少女及更年期婦女應在醫師指導下服藥；一般服藥一個月經周期，其症狀無改善，或月經量過多，或經水淋漓不淨超過半個月，或出現其他症狀者，應去醫院就診；本藥物疏肝行氣涼血，其中還有梔子丹皮，總體藥性偏涼，故舌苔白、脾胃虛寒的人不太適宜；忌氣惱勞碌；忌食生冷油膩辛辣食物；按照用法用量服用，長期服用應向醫師諮詢。
逍遙散是一種中成藥，是柴胡、當歸、白芍、炒白朮、茯苓、炙甘草、薄荷、生薑幾味中藥製成的水丸劑。它具有疏肝健脾，養血調經之功效。常用於肝氣不舒所致的月經失調，胸脅脹痛，頭暈目眩，食慾減退。
逍遙散作用廣泛，對於婦科乳腺及月經疾患都能發揮良好的治療作用。其副作用較低，如果在中醫辨證準確的基礎上服用，一般是比較安全的。但也曾有過兩例逍遙散致白帶過多的報導。也有個案報導提示，逍遙散可導致過敏反應，甚至是過敏性休克反應。需要注意的是逍遙散僅適用於中醫辨證，屬於肝氣鬱結為主的，或肝鬱夾有脾虛的病人。另外，如果在服用逍遙散期間，偶然出現經期延長、經量較少或引導不規則出血的情況，或是服用後症狀未能減輕者，仍需要立即就醫。