慢性扁桃腺炎，如果經常性的出現急性感染髮作或者是扁桃腺出現增生肥大，產生吞咽或者呼吸困難現象，都是需要通過手術切除的。
慢性扁桃腺炎多數是由於急性扁桃腺炎症沒有及時控制，導致病情遷延不愈蔓延而來。慢性扁桃腺炎主要表現為咽喉乾燥、異物感、刺激性咳嗽、發癢、疼痛等症狀，有些還會伴隨有口臭等現象。
當熬夜勞累或者是抽菸喝酒、壓力過大等因素刺激下，會引發慢性扁桃腺炎急性發作等現象，導致出現咽喉劇烈疼痛，吞咽困難、發燒等症狀。
如果扁桃腺急性炎症，每年發作5~6次，是需要通過手術切除扁桃腺的。
長期慢性的扁桃腺炎症會引發扁桃腺實質內的組織產生增生的現象，從而會造成扁桃腺增生肥大導致口咽部出現狹窄，影響吞咽和呼吸情況，也是需要通過手術進行切除的。
目前臨床上切除扁桃腺的手術方式，有傳統的扁桃腺切除術、低溫等離子下扁桃腺消融術等，手術後需要再次進行消炎治療，避免手術創面出現感染或者出血的現象。手術後初期需要使用冷流質飲食，比如牛奶、米湯等，隨著手術創面逐漸恢復飲食，可以逐漸從流質轉變成半流質或者是普通食物。
扁桃腺切除後，一般就沒有扁桃腺了。因為現在的扁桃腺切除手術，絕大部分人的術式都是完整切除。因為扁桃腺有被膜，和扁桃腺周圍組織，咽部，叫齶部的肌肉之間有一層被膜相隔。手術的時候是沿著扁桃腺被膜去切除扁桃腺，所以一般能夠做到扁桃腺的完整切除，扁桃腺切除就不會再有了。
除非是術式不一樣，有的人可能小時候用的是械切方法。械切不是沿著扁桃腺的被膜切，是把扁桃腺組織擠到這些刀裡頭，然後一收縮，把扁桃腺組織大部分切除，這種時候切除的方法叫械切，有可能會下級有殘留。可能隨著後來炎症的刺激，扁桃腺可能還會有增生，可能還會有扁桃腺。所以只有這種情況下可能會有殘留，有扁桃腺。
絕大部分的手術的方法，扁桃腺切除以後，就不會再有扁桃腺了。這個也別太擔心，沒有扁桃腺，實際上對身體的免疫、生長發育，包括免疫屏障等問題都不會存在影響，這點不用擔心。
慢性扁桃腺炎反覆急性發作或多次併發扁桃腺周圍膿腫，慢性扁桃腺炎已成為引起其他臟器病變的病灶，或與鄰近器官的病變有關聯者都需要行扁桃腺切除。另外，扁桃腺過度肥大，妨礙吞咽、呼吸及發音功能，白喉帶菌者，經保守治療無效時也需要行扁桃腺切除。各種扁桃腺良性腫瘤，可連同扁桃腺一併切除，對惡性腫瘤則應慎重選擇適應證及手術的範圍。
急性炎症時，一般不施行手術，宜在炎症消退2～3周後切除扁桃腺。造血系統疾病及有凝血機制障礙者，如再生不良性貧血、血小板減少性紫斑症、過敏性紫斑症等，一般不手術。若扁桃腺炎症會導致血液病惡化，必須手術切除術時，應充分準備，精心操作，並在整個圍手術期採取綜合治療。
嚴重全身性疾病，如活動性肺結核、風濕性心臟病、先天性心臟病、關節炎、腎炎、高血壓病、精神病等。在脊髓灰質炎及流感等呼吸道傳染病流行季節及流行地區，以及其他急性傳染病流行時，或患呼吸道感染疾病期間，不宜手術。
婦女月經期間和月經期、妊娠期，不宜手術。病人親屬中免疫球蛋白缺乏或自身免疫病的發病率高，白血球計數特別低者，不宜手術。